問題1:如何設置默認鏡像
你希望下載某些R包，因此希望設定默認的CRAN網站鏡像，這樣R每次下載時不需要你選擇鏡像。
解決方案
該方案要求用戶R系統中包含一個.Rprofile文件，如方法3.16描述的那樣：
1.調用chooseCRANmirror函數：
chooseCRANmirror()
R會顯示CRAN鏡像的列表。
2.從列表中選擇鏡像並點擊確定。
3.通過查看repos選項的第一個元素來獲取所選鏡像的URL地址：
options("repos")[[1]][1]
4.將下面的命令添加至.Rprofile 文件中：
options(repos="URL")
其中的URL就是鏡像的URL。
討論
在每次安裝R包的過程中都會使用相同的CRAN鏡像（即離本地最近的鏡像地址）。你可能對於R重復地詢問選擇鏡像感到厭煩。按照上述方法所給出的解決方案進行操作，便設定了默認的鏡像，R每次就不再詢問了。
repos選項是默認鏡像的名稱。使用chooseCRANmirror函數選擇鏡像時會有一個重要的副作用，即按照選擇來設定repos選項。問題是當R退出時，R不會保存選擇的鏡像為默認鏡像。通過在.Rprofile中對repos進行設定，R在啟動時會自動恢復你的設定。
問題2:R包選擇鏡像以及本地安裝
bioconductor選擇鏡像：
選用中科大鏡像 [PS：如果biocLite出錯，重新打開R就好了]
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("methylKit") # biocLite("你所需要的bioc包") 問題3:R社區的簡單解析（CRAN、CRAN Task View）
1、R社區——主界面：https://www.r-project.org/
主要功能：提供下載、最新版本的信息
2、R社區——CRAN Mirrors：https://cran.r-project.org/mirrors.html
主要功能：世界各地鏡像地，挑一個離你近的。R鏡像是為了方便世界各地的使用者下載R軟件及相關軟件包，在各地設置的鏡像。各地的鏡像都是R網站的備份文件，完全一樣。所以，選擇離你最近的鏡像，你下載R軟件或R包的速度相對較快。
3、R社區——Contributed Packages：https://cran.r-project.org/web/packages/
主要功能：已有函數包個數、按時間排列、按出版名稱排列、安裝包的方法、手動安裝包的方法、自己編包的一些規則
4、R社區——CRAN Task Views：https://cran.r-project.org/web/views/
主要功能：包按功能分類，比如按計量經濟學、貝葉斯、時間序列、臨場試驗、概率分布、空間、時空、生存等方面把包進行分類
5、生物統計家園有一些關於包的中文解釋：http://www.biostatistic.NET/forum-144-1.html
解讀:不太起眼的包的中文解讀，還是能在一定程度上幫助你理解這個包
6、如果要使用這個功能，需要先下載包ctv：
install.packages('ctv")
然后使用如下命令：
install.views("Econometrics")
這樣就可以將計量經濟學范疇的包都下載安裝了。
目前的views有:
Bayesian Bayesian Inference
Cluster Cluster Analysis & Finite Mixture Models
Econometrics Computational Econometrics
Environmetrics Analysis of ecological and environmental data Finance Empirical Finance Genetics Statistical Genetics Graphics Graphic Displays & Dynamic Graphics & Graphic Devices & Visualization gR gRaphical models in R MachineLearning Machine Learning & Statistical Learning Multivariate Multivariate Statistics SocialSciences Statistics for the Social Sciences Spatial Analysis of Spatial Data 涵蓋的面已經比較廣了，陸續應該還會有很多主題會添加進去。
大家可以在各個CRAN鏡像中看到views這欄，里面會對每個具體的view進行一些介紹，比如計量經濟學，我們可以在其介紹中看到很多有用的內容，尤其是關於計量經濟學各個領域需要的包等信息，具體的信息可以通過如下鏈接獲得：http://cran.r-project.org/src/contrib/Views/Econometrics.html