今天抽出晚上時間專門查了一下知識圖譜的繪制。大致就是類似下面這種圖
其實研二時候找nature的論文就遇到過這種圖，博一時候又在弄R的時候學了一下。但是放了一段時間又忘記了。主要還是在於得自己用到論文里。
這種圖在和生物相關的論文會經常遇到。其中，一級項目按比重由大到小排列，二級項目同理，連線表示關聯，線的粗細表示關聯強度。
********
下午去圖書館專門又把博一時候看的R找來翻了一下，對比知乎上高手們的經驗，書上的還是遜色了一些。
https://www.zhihu.com/question/21664179
想畫出上面那樣的圖，需要裝這個 http://circos.ca/intro/genomic_data/
另：python畫圖相關的文章
https://blog.csdn.net/qq951127336/article/details/54586869
https://www.jianshu.com/p/e543dc63454f
https://blog.csdn.net/yuexiaomao/article/details/52425083?utm_source=blogxgwz0
http://www.sohu.com/a/248091104_671058
https://www.zhihu.com/question/19929609/answer/19067873
R語言對應的包
https://github.com/jokergoo/circlize
*****
准備開始畫圖前，推薦看看：
弦圖直觀介紹： https://datavizcatalogue.com/ZH/方法/弦圖.html
畫一個弦圖的示例 ：http://www.r-graph-gallery.com/123-circular-plot-circlize-package-2/
更加復雜的一個例子：http://www.r-graph-gallery.com/122-a-circular-plot-with-the-circlize-package/
用d3畫弦圖：http://www.ourd3js.com/wordpress/213/ https://blog.csdn.net/lzhlzz/article/details/38299899 https://www.jianshu.com/p/4b44c708c2da
最后是知乎的文：https://zhuanlan.zhihu.com/p/28360518
****
十月底去了幾個學術討論組一番學習，最近終於回實驗室開干下面的東西。R的特點就是版本之間，特別是低版本不能使用高版本編輯的程序包。circlize是在3.5.1下構建的。因此需要使用清華的最新鏡像安裝。
但是，仍然缺幾個包需要安裝:GlobalOptions，colorspace，shape
有人會說，直接拿之前3.2時候的包復制到目錄下行嗎，答案是不行。因為必須在本版本包用命令安裝才可以。到下面這個圖的光標狀態方可使用circlize
再就是寫程序時候，直接復制粘貼是不可行的。老老實實動手寫，才能避免報錯。下面左邊unexpected string constant in之類的錯誤，就是之前沒有手動重寫的問題，而后面則成功生成了右邊的弦圖
****
最近嘗試把弦圖應用到論文里，結果發現弦圖只能讀入兩種形式：矩陣和鏈表
首先用R中的c()
https://zhidao.baidu.com/question/564197291
還要用到rep()
http://bbs.pinggu.org/thread-3392171-1-1.html
最后還要參考github
https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html