核心程序調用 Primer3_core，基本用法：
primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ]
參數簡析：
*-format_output 讓 primer3_core 產生人類易讀的結果，否則產生機器易讀的結果。
-default_version=n 默認設置為n=2，讓primer3使用最新的默認設置；n=1則讓程序使用
2.23 或之前版本的設置
-io_version=n n=3時，軟件向低版本兼容；n=4是默認設置，能使用2.0版本和以后版本一些新功能。
-p3_settings_file=file_path 指定primer_core的設置文件，該設置文件的設定取代默認設置。當然，
input file的設置也能取代這個文件的設置。
-echo_settings_file 打印出p3_settings_file中的設置信息。如果沒有指定設置文件，或含有
-format_output，則該參數失效
-strict_tags 要求嚴格的標簽。如果設置文件中的標簽不能被機器識別，則產生重大錯誤。
-error=file_path 指定錯誤信息輸出路徑，如果不指定，則輸出到stderr中。
*-output=file_path 指定輸出文件路徑，如果不指定，則輸出到標准輸出。
*input_file 配置文件
配置文件設置
即為Boulder-IO格式的，每一個
引物設計的記錄的結尾以“=\n”進行分隔。
SEQUENCE_ID=example. #序列名字
SEQUENCE_TEMPLATE= #序列模版鏈，方向5’-3‘
SEQUENCE_INCLUDED_REGION= （start），（length） ##從第strat起，到后面length長度序列中設計引物
SEQUENCE_TARGET=（start），（length） ##從第strat起，到后面length長度序列為擴增目的片段，引物設計在這兩側
SEQUENCE_EXCLUDED_REGION=（start），（length）。 ##設計引物避開此區域
SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST。 ##SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST=100,50,300,50 ; 900,60,, ; ,,930,100
表明有引物設計有三種選擇：
左引物在
100～150bp區間進行設計，右引物在300～350bp的區間進行設計；
左引物在
900～960bp區間進行設計，右引物隨意；
右引物在
930～1030bp區間進行設計，左引物隨意。
SEQUENCE_OVERLAP_JUNCTION_LIST ##指定引物在此位置要有重疊。
PRIMER_TASK=generic
PRIMER_NUM_RETURN=1000 ##引物最大返回數量
PRIMER_DNA_CONC=500
PRIMER_DNTP_CONC=0.8
PRIMER_SALT_CORRECTIONS=1
PRIMER_SALT_MONOVALENT=50
PRIMER_SALT_DIVALENT=1.5
PRIMER_MAX_END_GC=2
PRIMER_MIN_GC=35
PRIMER_MAX_GC=65
PRIMER_MIN_TM=58
PRIMER_MAX_TM=64
PRIMER_OPT_TM=60
PRIMER_MIN_SIZE=20
PRIMER_MAX_SIZE=26
PRIMER_OPT_SIZE=22
PRIMER_PAIR_MAX_DIFF_TM=2
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-180 ##引物長度范圍
PRIMER_PICK_ANYWAY=1
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