在cmd進入jdk的bin目錄，把keystore文件和apk安裝包放到bin目錄下，然后執行以下命令，需要管理員權限：
jarsgner -verbose -sigalg SHA1withRSA -digestalg SHA1 -keystore [keystorePath] -singnedjar [apkOut] [apkln] [alias]
例如
jarsigner -verbose -sigalg SHA1withRSA -digestalg SHA1 -keystore androids.keystore -signedjar mzbl36000.apk mzbl3600.apk 00000000000
jarsgner -verbose -sigalg SHA1withRSA -digestalg SHA1 -keystore [keystorePath] -singnedjar [apkOut] [apkln] [alias]
ps：紅色英文不填的話，默認簽名算法采用“SHA256withRSA”，所以會導致360提示：”您的應用簽名算法采用“SHA256withRSA”，在部分4.2一下安卓版本的手機上不能安裝
詳細
Android版本加固后簽名
在上傳應用的時候，應用加固之后會破壞原有的簽名，需要重新簽名才能發布到應用市場中，如下圖： 
加固后的簽名步驟如下：
1：簽名之前需要Java的JDK環境以及被破壞簽名的apk安裝包，以及將需要用來簽名的keystore文件。
2：將未簽名的apk和keystore文件拷貝到JDK安裝目錄下bin子目錄下，通過bin目錄下的jarsigner命令對未簽名的apk安裝包進行簽名。
通過cmd進入命令行模式：
1、 Windows+R 
2、 輸入如下命令進行簽名：
jarsigner -verbose –keystore 指定數字證書存儲路徑
-signedjar 簽名后的apk包未簽名的 apk包_legu.apk 數字證書別名
如：
jarsigner -verbose -keystore mzjsz.keystore -signedjar zjsz_android_release-release.apk zjsz_android_release-release.apk zjsz
以上命令的說明：
-verbose：指定生成詳細輸出
-keystore：指定數字證書存儲路徑
-signedjar：該選項的三個參數為
簽名后的apk包
未簽名的apk包
數字證書別名（后面有獲取方式）
注意數字證書別名有效期。
注意：簽名后的apk包和未簽名的apk包的包名盡量不要相同，否則將會將之前的版本直接覆蓋掉。
輸入正確指令之后會要求輸入密鑰庫的密碼即keystore的File Password，輸入的過程中不會有任何的顯示。輸入完成按Enter鍵： 
接着輸入密鑰口令即keystore的Key Password，完成按Enter 
當出現下圖即表示成功 
在bin目錄下生成一個mzjsz_android.apk文件。 
獲取keystore數字證書別名：
在簽名的過程中會需要獲取keystore數字證書別名，具體的操作如下：
通過命令定位在JDK的bin目錄下，或者在bin文件夾中按住shift+右鍵，在彈出菜單項中選擇在此處打開命令窗口。
輸入指令keytool -list -v -keystore keystore文件名 –storepass keystore文件密碼
例如：keytool -list -v -keystore keystoreName -storepass keystorePassword
出現下圖就表示獲取成功 