python 與 matlab 混編


用於 Python 的 MATLAB 引擎 API 快速入門

安裝用於 Python 的 MATLAB 引擎 API

Matlab的官方文檔中介紹了 Matlab 與其余編程語言之間的引擎接口,其中包括對於 Python 開放的引擎 API,可參考官方教程,其中包括引擎安裝,基本使用,以及Python與Matlab之間的數據類型轉換及交互。

  • 在 Windows 系統中:(可能需要管理員權限運行)
cd "matlabroot\extern\engines\python"
python setup.py install
  • 在 Mac 或 Linux 系統中:
cd "matlabroot/extern/engines/python"
python setup.py install

基礎用法

下面介紹數組的基本使用,其基本使用方法與 numpy 類似,但是 reshape() 函數略有不同,

import matlab
int_8 = matlab.int8([1, 2, 3, 4, 5, 6])
print(int_8)    # [[1, 2, 3, 4, 5, 6]]
print(int_8.size)   # (1, 6)
int_8.reshape((2, 3))   # reshape function is different from numpy
print(int_8)    # [[1, 3, 5], [2, 4, 6]]

double = matlab.double([[1, 2, 3], [4, 5, 6]])
print(double)   # [[1.0, 2.0, 3.0], [4.0, 5.0, 6.0]]
print(double[0])    # [1.0, 2.0, 3.0]
print(double[1][2]) # 6.0

對於數組的切片,Matlab 的 array 與 Python 的 list 也有所不同,官網給出的解釋在於,Matlab 數組切片返回的是一個視圖,而不是像 Python 中返回一個淺拷貝。

# Slice array
py = [[1, 2, 3], [4, 5, 6]]
mt = matlab.int32([[1, 2, 3], [4, 5, 6]])
py[0] = py[0][::-1]
mt[0] = mt[0][::-1]
# Slicing a Matlab array returns a view instead of a shallow copy
print(py)   # [[3, 2, 1], [4, 5, 6]]
print(mt)   # [[3, 2, 3], [4, 5, 6]]

Python的擴展接口 中介紹:
Python 還可以通過引擎完成對 Matlab 的一些基本操作與控制。以下代碼需要在終端運行:

import matlab.engine

eng = matlab.engine.start_matlab()

print(eng.sqrt(4.))     # 2.0
eng.plot(matlab.int32([1, 2, 3, 4]), matlab.int32([1, 2, 3, 4]))

eng.eval("hold on", nargout=0)
eng.eval("plot([4, 3, 2, 1], [1, 2, 3, 4])", nargout=0)

eng.eval("x = 3", nargout=0)
eng.eval("y = 41", nargout=0)
eng.eval("z = [213, 123]", nargout=0)
print(eng.workspace)
print(eng.workspace['x'], eng.workspace['z'])
"""
  Name      Size            Bytes  Class     Attributes

  x         1x1                 8  double
  y         1x1                 8  double
  z         1x2                16  double

3.0 [[213.0,123.0]]
"""

input("Press Enter to exit.")
eng.quit()

Python-Matlab調用(call) m 文件

定義入口函數 callentry,接收兩個參數,隨后對兩個參數分別在內部進行加和乘操作,再調用外部另一個 m 文件的 callsub 函數進行相減操作,將返回的結果保存在數組r中返回。

  • callentry.m 代碼:

function [x, y, z] = callentry(a, b);
x = add(a, b)
y = mul(a, b)
z = callsub(a, b)
end

function l = mul(m, n);
l=m*n;
end

function l = add(m, n);
l=m+n;
end
  • callsub.m 代碼

function r = callsub(a, b);
r = a-b;
end

在 Python 中,運行如下代碼

import matlab.engine
eng = matlab.engine.start_matlab()
print(eng.callentry(7.7, 2.1, nargout=3))
eng.quit()

Note: 值得注意的是,此處需要設置 nargout 參數,當未設置時默認為 1,即默認只返回 1 個參數,當知道 Matlab 返回參數的數量時,通過nargout 進行設置來獲取所有需要的參數。無參數返回時請設為 0
在第一次運行生成實例時會較慢,因為需要啟動 Matlab 引擎,最終得到輸出如下,可以看到,Matlab 的 console 界面顯示的結果在 Python 中也會輸出,最后得到的結果是列表形式的 Python 數據。

x =  
    9.8000  
  
y =  
   16.1700  
  
z =  
    5.6000  
  
r =  
    9.8000   16.1700    5.6000  
  
(9.8, 16.17, 5.6)

資料:Python與Matlab混合編程

MATLAB 中 調用 Python

只要正確安裝對應的 matlab 和 python,一般就可以使用了(不需要手動設置路徑)。
matlab 官方教程:從 MATLAB 調用 Python

相關資料:NumPy for MATLAB users

matlab 把所有參數輸出到一個文件里,然后用 system 命令調 python 腳本。python 腳本讀文件做計算結果再寫文件。最后 matlab 再讀文件得到結果。假設 python 腳本的用法是:

python xxx.py in.txt out.txt  

則 matlab 調用的命令:

[status, cmdout] = system('python xxx.py in.txt out.txt')

Matlab 的 system 函數用來向操作系統發送一條指令,並得到控制台的輸出,可以直接將控制台的輸出在 Command Window 打印出來,或者保存在變量中。 與 system 類似的還有 dos 函數和 unix 函數,我覺得它們都是對 system 函數的一種包裝,而 Matlab 的 system 函數也許是對 C 的庫函數system 的包裝。

先編寫一個調用 Python 腳本的 matlab 程序即 python.m


function [result status] = python(varargin)  
% call python  
%命令字符串  
cmdString='python';  
for i = 1:nargin  
    thisArg = varargin{i};  
    if isempty(thisArg) | ~ischar(thisArg)  
        error(['All input arguments must be valid strings.']);  
    elseif exist(thisArg)==2  
        %這是一個在Matlab路徑中的可用的文件  
        if isempty(dir(thisArg))  
            %得到完整路徑  
            thisArg = which(thisArg);  
        end  
    elseif i==1  
        % 第一個參數是Python文件 - 必須是一個可用的文件  
        error(['Unable to find Python file: ', thisArg]);  
    end  
    % 如果thisArg中有空格,就用雙引號把它括起來  
    if any(thisArg == ' ')  
          thisArg = ['"''"', thisArg, '"'];  
    end  
    % 將thisArg加在cmdString后面  
    cmdString = [cmdString, ' ', thisArg]  
end  
%發送命令  
[status,result]=system(cmdString);  
end  

就可以用這個函數調用 python 腳本了。 下面就來個調用 python 腳本 matlab_readlines.py (保存在 matlab 當前目錄)的例子:

import sys  
def readLines(fname):  
    try:  
        f=open(fname,'r')  
        li=f.read().splitlines()  
        cell='{'+repr(li)[1:-1]+'}'  
        f.close()  
        print cell  
    except IOError:  
        print "Can't open file "+fname  
if '__main__'==__name__:  
    if len(sys.argv)<2:  
        print 'No file specified.'  
        sys.exit()  
    else:  
        readLines(sys.argv[1]) 

這個腳本用來讀取一個文本文件,並生成 Matlab 風格的 cell 數組的定義字符串,每個單元為文本的一行。 放了一個測試用的文本文件 test.txt 在Matlab 的 Current Directory 中,內容如下:

This is test.txt 
It can help you test python.m 
and matlab_readlines.py

測試:

在 Matlab 的 Command Window 中輸入:

str = python('matlab_readlines.py','test.txt'); 
eval(['c = ' str]) 
celldisp(c) 

下面我舉一個 python 轉 matlab 的例子:

HDF5 轉 .mat

首先引入 Bunch 轉換為 HDF5 文件:高效存儲 Cifar 等數據集 封裝的 X.h5 數據集。

# 載入必備的庫和數據
import tables as tb
import scipy.io as sio

h5 = tb.open_file('E:/xdata/X.h5')

fm = h5.root.fashion_mnist  # 獲取 fashion_mnist 數據

mdict = {
    'testX':fm.testX[:].reshape((fm.testX.shape[0], -1)),
    'trainX':fm.trainX[:].reshape((fm.trainX.shape[0], -1)),
    'trainY':fm.trainY[:],
    'testY':fm.testY[:],
    
}

sio.savemat('fashion_mnist', mdict)   # 保存到本地 fashion_mnist.mat


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