注意： 修改端口和密碼非常重要，這是確保Filezilla安全的重點，必須修改端口，必須設置密碼！密碼建議足夠復雜！可以在管理界面中進行修改
General settings（常規設置）：
Max.Number of users：允許最大並發連接客戶端的數量。（0為不限制）
Number of Threads：處理線程。也就是CPU優先級別。數值調得越大優先級越高，一般默認即可。
下面的是超時設置，
先修改Use custom port range：小編此處選擇的從10000-10020.此處根據自己需要選擇。
1）如果服務器本身直接擁有公網IP，可以選軟件默認的“Default”。
2） 如果服務器是在局域網里面，在一個網關后面，那么就要選擇第二項“Use the follwoing IP”，並且在下面的輸入欄填寫公網的IP地址；否則，客戶端用PASV被動模式可能無法連接FTP服務器。因為服務器是在內網中，在客戶端使用PASV模式連接服務器的時候，服務器收到連接請求之后需要把自身的IP地址告訴客戶端，由於服務器在內網中，它偵測到的IP地址是內網的（如192.168.0.5），它把這個IP地址交給客戶端，客戶端自然無法連接。在這里設置了指定的IP地址后，服務器就會把這個公網合法的IP地址提交給客戶端，這樣才能正常建立連接。
如果服務器是動態IP的，那么可以選擇下面的“Retrieve external IP address from”，利用FileZilla官方網站免費提供的IP查詢頁面獲取當時的公網合法IP，然后服務器把這個公網合法IP地址提交給客戶端。當然靜態IP也可以用這個，只不過沒有必要。
這個設置頁面對服務器位於內網的情況非常重要。有些FTP服務器端沒有這個設置項目，客戶端就只能用Port主動模式連接。當然有些客戶端軟件針對這個問題有專門的設置，如FlashFXP的站點設置中只要選中“被動模式使用站點IP”就可以了。
對於在局域網中的服務器，如果服務器沒有置於DMZ區，那么強烈建議選中下面的“Use custom port range”定義PASV端口范圍。由於PASV模式中，是服務器隨機打開端口，然后把打開的端口號告訴客戶端，讓客戶端連接打開的端口。但是因為服務器處於網關后面，如果網關那里沒有做對應的端口映射，客戶端從外網就無法連接服務器打開的端口，導致PASV模式連接失敗。在這里限定服務器打開的端口范圍，然后到連接外網的網關那里，對服務器的這些端口做端口映射（虛擬服務）。這需要服務器和Internet網關設備配合設置，這樣外網的客戶端才能用PASV模式連接進來。
說明：如果啟用，IP過濾器在傳輸開始時檢查遠端IP，如果IP不符合控制通道中的遠端IP，傳輸將被取消。
FXP經常被用來傳輸非法盜版軟件，反彈攻擊亦可被用來發起對服務器的Dos攻擊，因為惡意用戶可以發起多個服務器到服務器傳輸，這將對服務器的帶寬和可用性造成很大影響。
如果設置了嚴格過濾IP，整個IP將與控制通道中的IP進行比較，但此選項可能會對使用了多個IP的代理服務器引發問題。
為了避免此問題，可以禁用嚴格IP過濾，這樣只檢查IP地址的前三部分，但這會使對FXP/反彈攻擊的安全都降低。因此，你需要在安全和兼容性之間做選擇，要想達到最佳效果，你可以阻止所有的FXP傳輸並且僅對傳入的傳輸啟用嚴格過濾。
注意：修改端口和密碼非常重要，這是確保Filezilla安全的重點，必須修改端口，必須設置密碼！密碼建議足夠復雜！
勾選“Enable MODE Z support”就可以啟用本服務器的MODE Z支持功能，這樣，只要客戶端也支持MODE Z就可以獲得它帶來的性能提升。“Minimum allowed compression level”和“Maximum allowed compression level”分別設置最小壓縮率和最大壓縮率。最下面可以輸入不啟用MODE Z功能的目標IP。
選中“Enable FTP over SSL/TLS support(FTPS)”
還有一處ushi是否一小時之內允許重復10次失敗嘗試。
第9步 加固權限，找到Filezilla的配置文件，格式是xml格式，鼠標右鍵點擊之，並選擇屬性。
加入Guest組禁止讀寫的權限，設置為拒絕。
點擊確定后，系統會彈出提示，詢問拒絕權限優先級高於允許權限，是否要繼續，點擊是通過即可。
匿名FTP配置：
首先打開管理控制台，點擊左起第四個圖標 進入系統設置。
打開ftp用戶管理界面，點擊右側的 add按鈕，添加新用戶。
在新增用戶的對話框中，輸入“anonymous”這個名字，即FTP的匿名用戶。
點擊確認，添加用戶完成，返回用戶管理界面。
點擊左側的“Shared folders”菜單。點擊Add按鈕，添加一個目錄。
打開瀏覽文件夾的選項，選擇要設置FTP的目錄。
點擊確定，添加用戶完成。
現在用戶FTP客戶端連接到FileZilla Server上，可以看到匿名FTP已經配置完成。
標准FTP用戶配置：
設定流程：開新帳戶→ 設定密碼→ 選定資料夾→ 設定完成。
第1步 進行的是用戶組（Group Settings）設置。在主界面點擊第五個按鈕或者由“Edit”——“Groups”菜單進入。
組設置是為了便於用戶歸類管理，相同權限的用戶歸屬到同一個組里面，這樣就不用重復多次設置每個用戶的權限等參數，簡化配置和管理工作。點擊右邊的“Add”按鈕創建新組。
組創建完成以后，點“Shared folders”進入目錄權限設置頁面。點擊中間區域的“Add”按鈕添加目錄。默認狀態添加的第一個目錄即為該組用戶登錄之后看到的主目錄（Home Directory），主目錄前面有個粗體的“H”標識。目錄列表右側分別是對該目錄的操作權限設置，上面是文件權限設置，下面是目錄權限設置。如果要改變主目錄，只要在列表中選中需要設置為主目錄的那個，然后點擊“Set as home dir”按鈕即可。
設置好主目錄之后，再點擊“Add”按鈕把其余的目錄依次設置進來就可以了。不過這里得注意，如果僅僅把別的目錄添加進去，那么你用客戶端連接之后，會發現除了主目錄和它的子目錄之外，別的目錄都看不見。這是怎么回事？這里要說明一個概念——虛擬路徑。所謂虛擬路徑，就是在客戶端看到的目錄結構。由於一個用戶只能有一個主目錄，別的目錄如果不映射成虛擬目錄的話，客戶端將看不到它。所以只有把除了主目錄之外的其它目錄，虛擬成主目錄的子目錄，這樣在客戶端才能看到。
比如本例，主目錄是D:\Downloads,如果不做虛擬路徑設置，那么客戶端登錄進來只能看到主目錄里面的內容，還有一個E:\FTPRoot目錄下面的東西看不到。如何設置虛擬路徑？鼠標右鍵點擊列表中的“E:\FTPRoot”目錄，在彈出的菜單里面選“Edit aliases”編輯別名；現在要把E:\FTPRoot目錄作為客戶端主目錄下的FTPRoot目錄，那么就在彈出的窗口里面輸入“D:\Downloads\FTPRoot”並點擊“OK”按鈕確定。注意拼寫規則，路徑的前面部分必須是主目錄的絕對路徑。這樣設置之后，在客戶端就可以看到一個“FTPRoot”目錄，這個目錄其實就是E:\FTPRoot目錄。
組設置中的“Speed Limits”和“IP Filter”跟全局設置里面的速度限制和IP過濾器設置方法是一樣的，請參照前面的內容。只不過這個是僅僅針對這個組的用戶生效。而全局設置是對所有的用戶都生效。設置完畢之后點擊“OK”按鈕回到主界面。
權限說明：
文件：
Files → Read：可下載檔桉。
Files → Write：可上傳檔桉。
Files → Delete：可刪除檔桉。
Files → Append：即把文件下載到本地副本並打開編輯，在關閉時再上傳到服務器。（問題：不知道是不是在服務器端進行執行編輯。）
目錄：
Directories → Creat：可新增子資料夾。
Directories → Delete：可刪除子資料夾。
Directories → List：可列出資料夾中的檔桉。
Directories → +subdirs：列出文件夾中的子文件夾。
注意：在FileZilla Server里設置的對文件、目錄的權限，需要依賴Windows操作系統中SYSTEM帳號對文件、目錄的權限設置。
第2步 設置用戶（Users）。點擊主界面第四個按鈕或者由“Edit”——“Users”菜單進入。
點擊右邊的“Add”按鈕創建用戶，輸入用戶名test 。
選中Password前邊的多選框，然后輸入密碼123456。
然后從“Group membership”欄選擇該用戶所屬的組（Group），這樣該用戶將繼承該組的所有屬性/權限，不用再單獨一一設置這些參數了。這也是設置組體現的方便性，在用戶比較多的時候使用組來分類會使得管理工作更加方便、高效。當然，也可以設置一個不屬於任何組的用戶，這樣的話，就得單獨定制該用戶的權限。對於少量特殊用戶，可以用這種方式設置。
返回到用戶管理界面，點擊設置文件夾目錄，點擊Add添加目錄。
添加完成，再右側選中test用戶對這個目錄的權限，然后點擊左側的OK按鈕，配置完成。
現在可以使用客戶端來測試登錄了。
打開FTP客戶端軟件，輸入test用戶名和密碼123456，登錄到服務器。
登錄成功后，可以看到剛才制定的FTP目錄下的文件，並具有相應的上傳、下載權限。 
至此，FileZilla Server的基本設置就完成並可以運行了。
啟用SFTP設置如下：
打開“Users”對話框：添加用戶；輸入密碼；選中“Force SSL for user login”，目的是強制使用 SSL，當然如果不選的話，要不要使用 SSL，就由客戶端自己選擇了。
在“Shared folders”中添加 FTP 文件夾，並設置相應權限。
用 FileZilla Client 連接 FTP 服務器。和普通的連接相同，只是注意選擇 Servertype，如下圖：