Innodb存儲引擎可將所有數據存放於ibdata*的共享表空間，也可將每張表存放於獨立的.ibd文件的獨立表空間。共享表空間以及獨立表空間都是針對數據的存儲方式而言的。
共享表空間
某一個數據庫的所有的表數據，索引文件全部放在一個文件中，默認這個共享表空間的文件路徑在data目錄下。 默認的文件名為:ibdata1 初始化為10M。
優點：可以將表空間分成多個文件存放到各個磁盤上（表空間文件大小不受表大小的限制，如一個表可以分布在不同的文件上）。數據和文件放在一起方便管理。
缺點：所有的數據和索引存放到一個文件中，雖然可以把一個大文件分成多個小文件，但是多個表及索引在表空間中混合存儲，這樣對於一個表做了大量刪除操作后表空間中將會有大量的空隙，特別是對於統計分析，日值系統這類應用最不適合用共享表空間。
獨立表空間
每一個表都將會生成以獨立的文件方式來進行存儲，每一個表都有一個.frm表描述文件，還有一個.ibd文件。 其中這個文件包括了單獨一個表的數據內容以及索引內容，默認情況下它的存儲位置也是在表的位置之中。
優點：
1.每個表都有自已獨立的表空間。
2.每個表的數據和索引都會存在自已的表空間中。
3.可以實現單表在不同的數據庫中移動。
4.空間可以回收（除drop table操作處，表空不能自已回收）
a.Drop table操作自動回收表空間，如果對於統計分析或是日值表，刪除大量數據后可以通過:alter table TableName engine=innodb;回縮不用的空間。
b.對於使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也會使空間收縮。
c.對於使用獨立表空間的表，不管怎么刪除，表空間的碎片不會太嚴重的影響性能，而且還有機會處理。
缺點：
單表增加過大，如超過100個G。
詳細說明
該參數在mysql5.6.6及其后續版本默認開啟，開啟該參數的時候，Innodb將每個新創建的表的數據及索引存儲在一個獨立的.ibd文件里，而不是系統的表空間。當這些innodb表被刪除或清空的時候，存儲空間會被回收。
開啟innodb_file_per_table，在ALTER TABLE操作重建表的情況下，會將innodb表從系統共享表空間移動到獨立的.ibd文件。
不開啟innodb_file_per_table，innodb會將所有表及索引的數據存儲在構成系統表空間的ibdata文件。這樣會降低文件系統操作的性能開銷，例如DROP TABLE 或 TRUNCATE TABLE。它最適合於將整合磁盤都用於存儲mysql數據的情況，因為系統表空間不會收縮，所有的數據庫都在一個空間實例里面。當innodb_file_per_table=OFF的時候，應避免在空間受限的系統表空間里導入大量臨時數據。
innodb_file_per_table 可通過SET GLOBAL動態的修改為ON或OFF，也可以在my.cnf中做永久性修改，在my.cnf中修改后生效的話需要重啟mysqld服務。
1.innodb_file_per_table設置.開啟方法：
在my.cnf中[mysqld]下設置
innodb_file_per_table=1
2.查看是否開啟：
mysql> show variables like '%per_table%';
3.關閉獨享表空間
innodb_file_per_table=0關閉獨立的表空間
mysql> show variables like '%per_table%';
如果啟用了innodb_file_per_talbe參數，需要注意的是每張表的表空間內存放的只是數據、索引和插入緩沖Bitmap頁，其他數據如：回滾信息、插入緩沖索引頁、系統事物信息、二次寫緩沖（Double write buffer）等還是放在原來的共享表空間內。同時說明了一個問題：即使啟用了innodb_file_per_table參數共享表空間還是會不斷的增加其大小的。
注：動態修改后僅對后續操作生效，如原來為共享表空間，動態修改為獨立表空間后僅新建的表為獨立表空間。
想要將共享表空間轉化為獨立表空間有兩種方法：
1.先邏輯備份，然后修改配置文件my.cnf中的參數innodb_file_per_table參數為1，重啟服務后將邏輯備份導入即可。
2.修改配置文件my.cnf中的參數innodb_file_per_table參數為1，重啟服務后將需要修改的所有innodb表都執行一遍：alter table table_name engine=innodb;