AnnotationHub是一個包含大量注釋信息的數據庫,里面有很多物種,以及來源於很多數據庫的注釋信息。
1,安裝這個包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("AnnotationHub"),
2,載入這個包:
library(AnnotationHub)
(如有提示說需要載入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就載入它們)
library(BiocGenerics)
library(parallel)
library(AnnotationHub)
3,建立AnnotationHub對象
ah = AnnotationHub()
接下來我們可以按自己的需求來完成,
比如a:想要查看AnonotationHub里面包括那些物種:
unique(ah$species)
由於包含東西太多,我們可以根據自己想要找的物種,來看這個AnonotationHub里面是否包含我們想要的物種:
ah$species[which(ah$species=="Mus musculus")]

可見是包含的,由於我們想要使用clusterProfiler包,這個包只針對含有OrgDb對象的,所以我們繼續尋找
使用R中的qury函數可以看見一些信息:
OrgDb屬於rdataclass里面的,所以使用
就找到了,名字為org.Mm.eg.db。
初學,如有不對還請指出。
大神詳解:http://www.jianshu.com/p/ae94178918bc