關於AnnotationHub的一些應用


 AnnotationHub是一個包含大量注釋信息的數據庫,里面有很多物種,以及來源於很多數據庫的注釋信息。

1,安裝這個包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("AnnotationHub"),

2,載入這個包:

library(AnnotationHub)

(如有提示說需要載入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就載入它們)

library(BiocGenerics)
library(parallel)
library(AnnotationHub)

3,建立AnnotationHub對象

ah = AnnotationHub()

接下來我們可以按自己的需求來完成,

比如a:想要查看AnonotationHub里面包括那些物種:

unique(ah$species)
由於包含東西太多,我們可以根據自己想要找的物種,來看這個AnonotationHub里面是否包含我們想要的物種:
ah$species[which(ah$species=="Mus musculus")]

可見是包含的,由於我們想要使用clusterProfiler包,這個包只針對含有OrgDb對象的,所以我們繼續尋找

使用R中的qury函數可以看見一些信息:

OrgDb屬於rdataclass里面的,所以使用

就找到了,名字為org.Mm.eg.db。

初學,如有不對還請指出。

大神詳解:http://www.jianshu.com/p/ae94178918bc

 


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