你按這幾個步驟去做，就能解決問題：
1.把/tomcat/webapps/目錄清空，刪掉該文件夾的所有內容，
2.修改/tomcat/conf/web.xml文件:
default
org.apache.catalina.servlets.DefaultServlet
debug
0
listings
true
1
3.修改/tomcat/conf/server.xml文件:
其實就是給工程配置虛擬路徑，這樣tomcat在啟動的時候直接找到你的工程了,你上傳的圖片就不會跑到/tomcat/webapps/目錄，而是直接到了你的工程里,不管你怎樣重啟項目，或者清理緩存，上傳的文件依然存在!
部署web項目，別在eclipse中點來點去的部署，那樣雖然快捷，但實際上是復制項目到tomcat，有很多弊端！
修改tomcat的配置文件正好解決這個問題，反過來想一想，javaweb項目的服務器一般都是linux系統，linux系統中不可能安裝eclipse，
所以在linux系統中部署項目，就是修改配置文件，然后運行命令啟動tomcat，這樣部署后，request.getSession().getServletContext().getRealPath("/");得到的是項目的WebRoot根目錄，比如：D:\project\myProject\prjName\WebRoot，上傳文件時的文件夾自然就會創建在項目中，如果你在eclipse中點來點去的部署，得到的卻是tomcat的webapps根目錄，文件夾就會創建在tomcat中，D:\project\myProject\prjName\WebRoot 這個路徑是項目的web根目錄，prjName是項目名稱, 那么D:\project\myProject\prjName\src 就是你存放java文件的根目錄了,/ser 就是項目應用的名稱了，或者說是上下文路徑，這個名稱可以隨意修改
如果你的tomcat端口是 8080, 那么項目的訪問路徑就是 http://localhost:8080/ser
上傳時就會在D:\project\myProject\prjName\WebRoot\ 目錄中創建文件夾,不管你怎樣重啟項目，或者清理緩存，上傳的文件依然存在, 因為上傳的文件都已經存在於你的項目中,這樣方式只需要部署一次，沒有重新部署的說法
如果你是在eclipse中點來點去的部署項目，也就等於是把D:\project\myProject\prjName\WebRoot目錄的所有文件和文件夾都復制到了 /tomcat/webapps/prjName/目錄下，那么項目的訪問路徑就是 http://localhost:8080/prjName
上傳時就會在 /tomcat/webapps/prjName/ 目錄中創建文件夾,只要重新部署或清理緩存，上傳的文件都煙消雲散了,因為重新部署時，先刪除 /tomcat/webapps/prjName/ 目錄，再復制一遍D:\project\myProject\prjName\WebRoot目錄的所有文件和文件夾。
引於：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5446eca40101ijpw.html