批量顯示QC結果的利器(轉)

作者：greenhillman

MultiQC

homepage: http://multiqc.info
功能：把多個測序結果的qc結果整合成一個報告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多種軟件結果的整合。

Installation 安裝

在已經安裝Anaconda的情況下，安裝MultiQC非常簡單，只要運行如下命令即可：

 
 
 
         

  
  
  
          
#conda
  
  
  
          
conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
  
  
  
          
multiqc . #Run
 
 
 
         

查看幫助

 
 
 
         

  
  
  
          
multiqc --help
 
 
 
         

Run MultiQC 運行

安裝好后，進入你要分析的測序文件所在的文件夾，直接輸入multiqc加要掃描的目錄即可運行，如果要掃描當前文件夾，直接輸入"multiqc ."即可

 
 
 
         

  
  
  
          
multiqc .
  
  
  
          
multiqc /data/mydir/
  
  
  
          
multiqc /data/*fastqc.zip
  
  
  
          
multiqc /data/sanple_1*
 
 
 
         

使用“--ignore”參數忽略某些文件

 
 
 
         

  
  
  
          
multiqc . --ingore *_R2*
  
  
  
          
multiqc . --ignore run_two/
  
  
  
          
multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*.zip
 
 
 
         

使用文本指定要分析的文件的路徑

 
 
 
         

  
  
  
          
multiqc --file-list_my_file_list.txt
 
 
 
         

重命名輸出結果

分析結果默認命名為“multiqc_report.html”，相關的以tab風格的data file保存在“multiqc_data”文件夾下。可以用“-n”參數改變結果文件的名字，用“-o”改變輸出文件的位置。

覆蓋已存在的結果

添加參數“-f”，輸出結果時會自動覆蓋同名文件。

更換報告模板

添加參數“-t”或者“--template”可以選擇不同風格的報告模板，具體內容請查看幫助文檔“multiqc --help”。同時，MultiQC也支持自行創作結果文件的模板。

輸出圖片Exporting plot

除了直接輸出html文件外，Multiqc還可以直接保存圖片文件。用以下參數進行保存：

 
 
 
         

  
  
  
          
multiqc -p/--export
 
 
 
         

默認設置下，圖片會保存在“multiqc_plots”文件夾中，以.png/.svg或者pdf格式保存。
同時，也可以直接在html文件中使用“toolbox”中的Export 保存圖片。

報告正文

報告頁面分為三部分，左邊是導航頁面，中間是報告正文，右邊是toolbox

1. General Statistics

（Configure Conlumns）可選擇需要展示的列名

點擊列名可進行排序

(plot)可選擇任意兩列進行plot

Toolbox

工具欄主要有Hightlight Samples、Rename Samples、Show/Hide Samples、Export Plots、Saving Setting以及幫助等功能。