轉自生信技能樹微信公眾號，作者果子
距離上次的承諾已經過去了1月，今天就來補上上回的坑。
說實話，現在大部分公眾號已經創作乏力，我估摸着已經1個月沒有點開關注的公眾號了，因為在上一個月我就發現，
已經沒有什么能夠讓我虎軀一震，要知道在以前我可是每天刷新，不斷收藏的，要不然印象筆記里面也不會有1萬多條筆記，以前不知道如何分享，權當做自己的精囊，寫錯了是錦囊，都是在師妹困難的時候發揮作用，而現在，微信允許跨公眾號內插帖子鏈接，今天我就要把他們全部放出來。
我要申明一點，如果你把這個帖子看完后，還覺得自己拿不到課題，發不了文章，我覺得，你可能需要換個團隊，或者換個腦子。
我就是掌握了這些數據庫的用法，才變成了現在的我。而我學習編程，是為了更加自由。
需要強調的是，這里面大部分數據庫我都使用過，但是遺憾的是，當年我並沒有記錄使用的感受，以及各個帖子對於新手的友好程度，甚至在使用
某些數據庫時，干脆自己把使用文檔看了一遍，不過，沒關系，你只要知道，想到達到什么目的該用什么數據庫就可以了。
對於TCGA感興趣的，可以參考之前的導航帖，那也是這個坑的由來：
TCGA教程大合集：不會編程是常態，但永遠難不倒努力前行的臨床醫生
下面我們正式開始：
芯片分析：
其實這邊跟TCGA帖子有點重合，說到底，數據挖掘有兩個作用
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沒有課題的時候產生課題
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沒有機制的時候提供思路
如何挖別人的數據，寫自己的標書
如何挖別人的數據，寫自己的標書 II
如何挖別人的數據，寫自己的標書 3
表達譜數據挖掘神器，一個就夠！（上）
單基因信息匯總數據庫：
通過TCGA帖子和前面的帖子，你已經有足夠多的課題可以來做，但是如何篩選特定的基因，並確定自己的研究方向，你得看看下面的帖子
研究單個基因的生物信息學分析工具
還在為找不到基因序列而煩惱么？
如何檢索基因的DNA,mRNA,protein序列
文獻中基因挖掘的一個簡單神器
為啥要學習這些討厭的蛋白互作分析工具？
如何正確地尋找能扯上關系的明星分子
告訴你文獻聚類分析的神器 1
告訴你文獻聚類分析的神器2
新神器get√，用這個來搜PubMed
更深層次的文獻分析神器Get√！
偷懶的同學看好了，了解基因的捷徑——gene card
如何查詢和展示一個基因在組織和細胞株里面的表達？
人家五分文章是用這個神器來驗證免疫組化的
介紹一個來自全球最壕高校的數據庫……
（工具篇）S5E55：腫瘤耐葯研究神器之——GDSC
轉錄調控相關：
我的導師告訴我，在90年代，包括現在，CELL雜志每期有一般的文章都是轉錄調控相關的，所以至今我們還保留在強悍得轉錄調控研究傳統
這里面包括如何找啟動子，預測結合位點，轉錄調控的三駕馬車你也應該知道：Luciferase，EMSA，ChIP，但是這些實驗相關的知識不是本次的重點，再次挖坑。
先看看我寫過的帖子
找出基因的啟動子並分析其結合位點
來，再教你搜個啟動子吧……
轉錄因子和靶基因系列（一）轉錄因子調控哪些下游基因，有實驗證據的線索
轉錄因子和靶基因系列（二）按類檢索轉錄因子ChIP-seq數據
轉錄因子和靶基因系列（三）哪個TF會來結合我這段DNA
要是我有一堆基因，想知道他們的轉錄因子，要怎么整？
十分鍾設計一個轉錄因子相關的課題，坐穩了，裝個逼給你看
表觀遺傳相關：
我們知道，人體內最終發貨核心作用的是編碼基因所對應的蛋白，而為什么擁有相同的基因組，心肌細胞和肝臟細胞差別那么大呢，一個是轉錄調控，另外一個重要的就是表觀遺傳。
組蛋白修飾預示着什么？
葯物處理多久后能看到組蛋白修飾的變化？
9分多的LncRNA相關的表觀研究是怎么做的？
跟着岳大師學ENCODE和RoadMap
跟着岳大師學ENCODE和RoadMap（二）——利用ENCODE做特定分子的實驗
跟着岳大師學ENCODE和RoadMap（三）——如何分類查看轉錄因子並可視化分析ChIP-Seq
WashU EpiGenome Browser的基本用法——跟着岳大師學ENCODE和RoadMap（四）
如何神奇地用ENCODE挖課題
長鏈非編碼RNA相關：
按照上面的說法，我覺得目前科研就圍繞兩個字進行，調控，轉錄調控，翻譯調控，表觀遺傳，然而那些非編碼RNA發揮越來越多的調控作用，
這篇帖子要看看
（文章篇）S5E53：標准化lncRNA課題設計
但是我們同時看到，大部分團隊對於長鏈非編碼RNA的研究只是出於淺表狀態，而我們理解的就是
老老實實地做RACE確定全長
通過RNA-pulldown確定結合蛋白，或者其他方法確定結合的DNA，ＲＮＡ，
然后再證明如何起作用，好的文章只做了一件事情，把事情說清楚。
然后再看看下面的帖子吧。
如何預測LncRNA與蛋白的相互結合？
你的lncRNA是否因SNP而發揮了不同的作用？導致預后的不同？
要怎么證明LncRNA是LncRNA？！
（工具篇）：神器之——lncRNA編碼能力預測
如何用BLAST來預測lncRNA相關的miRNA
為啥你辛辛苦苦做的lncRNA會被reviewer斃掉
如何繪制高大上的RNA二級結構圖？
（工具篇）：神器之——lncRNA編碼能力預測
如何查詢分子的物種保守性？
如何預測lncRNA的靶基因？
環狀RNA相關：
對於環狀ＲＮＡ，我有個奇怪的想法，臨床醫生做到這一塊的內容，實際上自己能做的少之又少，
如何篩選環狀ＲＮＡ，請公司做測序
如何分析環狀ＲＮＡ，生信公司給你作圖
如何設計引物驗證，實際上你不會
如何讓ＲＮＡ成環，你也不會，請公司做
如何敲減，還是不會，實際上很困難
所以，一般的團隊跟我講，實際上是同學自豪地跟我說，他研究的方向是環狀ＲＮＡ，實際上我的心內五味雜陳，最后匯成一句“你們團隊好牛逼”
circRNA 引物設計
環狀RNA定量PCR技術詳解
circRNA研究必備神器之傻瓜攻略大全
你不能不知道的2個CircRNA研究在線工具！
circRNA研究必備工具：circRNA翻譯潛能預測
非編碼RNA真的不編碼嗎？9張圖告訴你答案
環狀RNA翻譯蛋白研究技術思路剖析
Cell子刊連續兩篇環狀RNA翻譯蛋白文章發表！
circRNADb：首個匯總編碼蛋白環狀RNA的數據庫
Nature Reviews Genetics探討環狀RNA研究方法現狀
碎碎念：
實際上看到這里的人不多，因為這樣的帖子肯定是要收藏的，肯定是要跟自己說，以后會好好看的，可是多半不會看。大部分朋友蠢蠢欲動心急火燎地要學習生信，往往無疾而終，心灰意冷的時候，看看這篇帖子，你會重新打量人生，重振雄風的，因為你會發現，想要解決的問題，都有人給你提供方案了。（這些帖子有可能被其主人刪除，早看早）