Python通過調用windows命令行處理sam文件
以samtools軟件為例
一、下載或者索取得到windows版本的samtools軟件，解壓后如下：
進入文件內部，有如下幾個文件：
二、將samtools設置環境變量：
上圖是設置環境變量的窗口，建議在 系統變量里更改，這樣即使變更用戶名，環境變量依然有效。
在cmd中輸入samtools，出現samtools的命令說明，表明環境變量成功
三、 調試 通過cmd的命令行調用samtools命令：
A.將sam轉化為bam文件 Samtools view -bS path<in>\**.sam -o path<out>\**.bam
處理完畢，查看path<out>，應該有sam文件如下：
B.將bam文件sort samtools sort path<in>\**.bam path<out>\**.sort
處理完畢，查看path<out>，應該有.sort.bam文件如下：
C.將sort.bam文件轉化成sort.sam文件samtools view -h path<in>\**bam > path<out>\**.sam
處理完畢，查看path<out>，應該有.sort.sam文件如下：
四、用python調用cmd命令行實現以上操作
編寫代碼如下：
運行結果應該產生三個文件:
