1、開發上手難度
hibernate的真正掌握（封裝的功能和特性非常多）要比Mybatis來得難。
在真正產品級應用上要用Hibernate，不僅對開發人員的要求高，hibernate往往還不適合（多表關聯查詢等）。
2、系統調優調優方案對比
Hibernate:
* 制定合理的緩存策略；
* 盡量使用延遲加載特性；
* 采用合理的Session管理機制；
* 使用批量抓取，設定合理的批處理參數（batch_size）;
* 進行合理的O/R映射設計
Mybatis：
* MyBatis在Session方面和Hibernate的Session生命周期是一致的，同樣需要合理的Session管理機制。MyBatis同樣具有二級緩存機制。
* MyBatis可以進行詳細的SQL優化設計。
3、SQL優化方面
Hibernate的查詢會將表中的所有字段查詢出來，這一點會有性能消耗。
Hibernate也可以自己寫SQL來指定需要查詢的字段，但這樣就破壞了Hibernate開發的簡潔性。
Mybatis的SQL是手動編寫的，所以可以按需求指定查詢的字段。
總的來說，Hibernate使用的是封裝好，通用的SQL來應付所有場景，而Mybatis是針對響應的場景設計的SQL。Mybatis的SQL會更靈活、可控性更好、更優化。
4、移植性
Hibernate與具體數據庫的關聯只需在XML文件中配置即可，所有的HQL語句與具體使用的數據庫無關，移植性很好。
MyBatis項目中所有的SQL語句都是依賴所用的數據庫的，所以不同數據庫類型的支持不好。
5、JDBC
Hibernate是在JDBC上進行了一次封裝。
Mybatis是基於原生的JDBC的。Mybatis有運行速度上的優勢。
6、功能、特性豐富程度
Hibernate提供了諸多功能和特性。要全掌握很難。
Mybatis 自身功能很有限，但Mybatis支持plugin，可以使用開源的plugin來擴展功能。
7、動態SQL
Mybatis mapper xml 支持動態SQL
Hibernate不支持
實際項目關於Hibernate和Mybatis的選型：
1、數據量：有以下情況最好選用Mybatis
如果有超過千萬級別的表
如果有單次業務大批量數據提交的需求（百萬條及以上的），這個尤其不建議用Hibernate
如果有單次業務大批量讀取需求（百萬條及以上的）(注，hibernate多表查詢比較費勁，用不好很容易造成性能問題)
2、表關聯復雜度
如果主要業務表的關聯表超過20個（大概值），不建議使用hibernate
3、人員
如果開發成員多數不是多年使用hibernate的情況，建議使用mybatis
4、數據庫對於項目的重要程度
如果項目要求對於數據庫可控性好，可深度調優，用mybatis