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R語言連接數據庫常用的方法有2種：
1、使用R數據庫接口
連接MySQL，使用RMySQL包，使用前RMySQL包要先安裝。
library(RMySQL)
連接方式有2種：
（1）使用dbConnect
conn <- dbConnect(MySQL(), dbname = "rmysql", username="rmysql", password="rmysql", host="127.0.0.1", port=3306)
數據操作方法：
dbWriteTable(conn, "tablename", data) #寫表
dbReadTable(conn, "tablename") #讀表
dbDisconnect(conn) #關閉連接
（2）使用sqldf包
首先要安裝sqldf包，其次調用：
>library(sqldf)
> sqldf("select * from t_data",dbname="test",drv="MySQL",user="root",password="",host="127.0.0.1",port=3306)
連接后，SQL查詢語句后面的參數均可省略，例如：
> sqldf("select * from t_data limit 0,10")
2、使用ODBC連接
在Windows下配置ODBC（開放數據庫連接），具體步驟如下：
（1）R下載RODBC包，安裝好。
（2）在http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc下載mySQL ODBC，安裝好。
（3）Windows：控制面板->管理工具->數據源（ODBC）->雙擊->添加->選中mysqlODBC driver一項
填寫：data source name 一項填入你要使用的名字，自己隨便命名，例如：mysql_data;
description一項隨意填寫，例如mydata
TCP/IP Server 填寫本機服務器IP，一般為：127.0.0.1
user 填寫你的mysql用戶名
password 填寫你的mysql密碼
然后數據庫里會出現你的mysql里的所有數據庫，選擇一個數據庫。
確定。
（4）打開R的界面調用數據庫：
library(RODBC);
channel <- odbcConnect("mysql_data", uid="root", pwd="123");
sqlTables(channel);#查看數據中的表
data<-sqlFetch(channel,"kegg")# 查看表的內容，存到數據框里
參考文章：
1、R語言連接Mysql數據庫的步驟及簡單使用mysql數據庫中的數據（學習筆記）.http://www.dataguru.cn/thread-289411-1-1.html
2、R語言連接mySQL數據庫步驟. http://blog.sina.com.cn/s/blog_ab3fbf1b0101komj.html
3、R連接MySQL數據庫方法備忘. http://www.r-bloggers.com/lang/chinese/1247