在PHP中調用外部命令，可以用如下三種方法來實現：
方法一：用PHP提供的專門函數（四個）：
PHP提供4個專門的執行外部命令的函數：exec(), system(), passthru(), shell_exec()
1）exec()
原型: string exec ( string $command [, array &$output [, int &$return_var ]] )
說明: exec執行系統外部命令時不會輸出結果，而是返回結果的最后一行。如果想得到結果，可以使用第二個參數，讓其輸出到指定的數組。此數組一個記錄代表輸出的一行。即如果輸出結果有20行，則這個數組就有20條記錄，所以如果需要反復輸出調用不同系統外部命令的結果，最好在輸出每一條系統外部命令結果時清空這個數組unset($output)，以防混亂。第三個參數用來取得命令執行的狀態碼，通常執行成功都是返回0。
<?php
exec("dir",$output);
print_r($output);
?>
2）system()
原型: string system ( string $command [, int &$return_var ] )
說明: system和exec的區別在於，system在執行系統外部命令時，直接將結果輸出到游覽器，如果執行命令成功則返回true，否則返回false。第二個參數與exec第三個參數含義一樣。
<?php
system("pwd");
?>
3）passthru()
原型: void passthru ( string $command [, int &$return_var ] )
說明: passthru與system的區別，passthru直接將結果輸出到游覽器，不返回任何值，且其可以輸出二進制，比如圖像數據。第二個參數可選，是狀態碼。
<?php
header("Content-type:image/gif");
passthru("/usr/bin/ppm2tiff /usr/share/tk8.4/demos/images/teapot.ppm");
?>
4）shell_exec()
原型: string shell_exec ( string $cmd )
說明: 直接執行命令$cmd
<?php
$output = shell_exec('ls -lart');
echo "<pre>$output</pre>";
?>
方法二：反撇號
原型: 反撇號`（和~在同一個鍵）執行系統外部命令
說明: 在使用這種方法執行系統外部命令時，要確保shell_exec函數可用，否則是無法使用這種反撇號執行系統外部命令的。
<?php
echo `dir`;
?>
方法三：用popen()函數打開進程
原型: resource popen ( string $command , string $mode )
說明: 能夠和命令進行交互。之前介紹的方法只能簡單地執行命令，卻不能與命令交互。有時須向命令輸入一些東西，如在增加系統用戶時，要調用su來把當前用戶換到root用戶，而su命令必須要在命令行上輸入root的密碼。這種情況下，用之前提到的方法顯然是不行的。
popen( )函數打開一個進程管道來執行給定的命令，返回一個文件句柄，可以對它讀和寫。返回值和fopen()函數一樣，返回一個文件指針。除非使用的是單一的模式打開(讀or寫)，否則必須使用pclose()函數關閉。該指針可以被fgets(),fgetss(),fwrite()調用。出錯時，返回FALSE。
<?php
error_reporting(E_ALL);
/* Add redirection so we can get stderr. */
$handle = popen('/path/to/executable 2>&1', 'r');
echo "'$handle'; " . gettype($handle) . "\n";
$read = fread($handle, 2096);
echo $read;
pclose($handle);
?>
要考慮兩個問題：安全性和超時
1）安全性
由於PHP基本是用於WEB程序開發的，所以安全性成了人們考慮的一個重要方面 。於是PHP的設計者們給PHP加了一個門：安全模式。如果運行在安全模式下，那么PHP腳本中將受 到如下四個方面的限制：
執行外部命令
在打開文件時有些限制
連接MySQL數據庫
基於HTTP的認證
在安全模式下，只有在特定目錄中的外部程序才可以被執行，對其它程序的調用將被拒絕。這個目錄可以在PhP.ini 文件中用safe_mode_exec_dir指令，或在編譯PHP是加上--with-exec-dir選項來指定。
當你使用這些函數來執行系統命令時，可以使用escapeshellcmd()和escapeshellarg()函數阻止用戶惡意在系統上執行命令，escapeshellcmd()針對的是執行的系統命令，而escapeshellarg()針對的是執行系統命令的參數。這兩個參數有點類似addslashes()的功能。
2）超時
當執行命令的返回結果非常龐大時，可以需要考慮將返回結果輸出至其他文件，再另行讀取文件，這樣可以顯著提高程序執行的效率。
如果要執行的命令要花費很長的時間，那么應該把這個命令放到系統的后台去運行。但在默認情況下，象system()等函數要等到這個命令運行完才返回（實際上是在等命令的輸出結果），這肯定會引起PHP腳本的超時。解決的辦法是把命令的輸出重定向到另外一個文件或流中，如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/abc ");
?>