Hash 索引結構的特殊性，其檢索效率非常高，索引的檢索可以一次定位，不像B-Tree索引需要從根節點到枝節點，最后才能訪問到頁節點這樣多次的IO訪問，所以 Hash 索引的查詢效率要遠高於 B-Tree索引。
可能很多人又有疑問了，既然Hash 索引的效率要比 B-Tree 高很多，為什么大家不都用 Hash 索引而還要使用 B-Tree索引呢？任何事物都是有兩面性的，Hash 索引也一樣，雖然 Hash 索引效率高，但是 Hash索引本身由於其特殊性也帶來了很多限制和弊端，主要有以下這些。
（1）Hash索引僅僅能滿足"=","IN"和"<=>"查詢，不能使用范圍查詢。
由於 Hash 索引比較的是進行 Hash 運算之后的 Hash值，所以它只能用於等值的過濾，不能用於基於范圍的過濾，因為經過相應的 Hash算法處理之后的 Hash 值的大小關系，並不能保證和Hash運算前完全一樣。
（2）Hash 索引無法被用來避免數據的排序操作。
由於 Hash 索引中存放的是經過 Hash 計算之后的 Hash值，而且Hash值的大小關系並不一定和 Hash運算前的鍵值完全一樣，所以數據庫無法利用索引的數據來避免任何排序運算；
（3）Hash索引不能利用部分索引鍵查詢。
對於組合索引，Hash 索引在計算 Hash 值的時候是組合索引鍵合並后再一起計算 Hash 值，而不是單獨計算 Hash值，所以通過組合索引的前面一個或幾個索引鍵進行查詢的時候，Hash 索引也無法被利用。
（4）Hash索引在任何時候都不能避免表掃描。
前面已經知道，Hash 索引是將索引鍵通過 Hash 運算之后，將 Hash運算結果的 Hash值和所對應的行指針信息存放於一個 Hash 表中，由於不同索引鍵存在相同 Hash 值，所以即使取滿足某個 Hash 鍵值的數據的記錄條數，也無法從 Hash索引中直接完成查詢，還是要通過訪問表中的實際數據進行相應的比較，並得到相應的結果。
（5）Hash索引遇到大量Hash值相等的情況后性能並不一定就會比B-Tree索引高。
選擇性比較低的索引鍵，如果創建 Hash 索引，那么將會存在大量記錄指針信息存於同一個Hash值相關聯。這樣要定位某一條記錄時就會非常麻煩，會浪費多次表數據的訪問，而造成整體性能低下
B-Tree 索引是 MySQL 數據庫中使用最為頻繁的索引類型，除了 Archive 存儲引擎之外的其他所有的存儲引擎都支持B-Tree 索引。不僅僅在 MySQL 中是如此，實際上在其他的很多數據庫管理系統中B-Tree索引也同樣是作為最主要的索引類型，這主要是因為 B-Tree索引的存儲結構在數據庫的數據檢 索中有非常優異的表現。
一般來說， MySQL 中的 B-Tree 索引的物理文件大多都是以 Balance Tree的結構來存儲的，也就是所有實際需要的數據都存放於 Tree 的 Leaf Node ，而且到任何一個 Leaf Node的最短路徑的長度都是完全相同的，所以我們大家都稱之為 B-Tree 索引當然，可能各種數據庫（或 MySQL的各種存儲引擎）在存放自己的 B-Tree 索引的時候會對存儲結構稍作改造。如 Innodb 存儲引擎的 B-Tree索引實際使用的存儲結構實際上是 B+Tree ，也就是在 B-Tree數據結構的基礎上做了很小的改造，在每一個
Leaf Node 上面出了存放索引鍵的相關信息之外，還存儲了指向與該 Leaf Node 相鄰的后一個 LeafNode的指針信息，這主要是為了加快檢索多個相鄰 Leaf Node 的效率考慮。
在 Innodb 存儲引擎中，存在兩種不同形式的索引，一種是 Cluster 形式的主鍵索引（ Primary Key），另外一種則是和其他存儲引擎（如 MyISAM 存儲引擎）存放形式基本相同的普通 B-Tree 索引，這種索引在 Innodb存儲引擎中被稱為 Secondary Index。下面我們通過圖示來針對這兩種索引的存放
形式做一個比較。
圖示中左邊為 Clustered 形式存放的 Primary Key ，右側則為普通的 B-Tree 索引。兩種 Root Node和 Branch Nodes 方面都還是完全一樣的。而 Leaf Nodes 就出現差異了。在 Prim中， Leaf Nodes存放的是表的實際數據，不僅僅包括主鍵字段的數據，還包括其他字段的數據據以主鍵值有序的排列。而 Secondary Index則和其他普通的 B-Tree 索引沒有太大的差異，Leaf Nodes 出了存放索引鍵 的相關信息外，還存放了 Innodb的主鍵值。
所以，在 Innodb 中如果通過主鍵來訪問數據效率是非常高的，而如果是通過 Secondary Index 來訪問數據的話，Innodb 首先通過 Secondary Index 的相關信息，通過相應的索引鍵檢索到 Leaf Node之后，需要再通過Leaf Node 中存放的主鍵值再通過主鍵索引來獲取相應的數據行。MyISAM存儲引擎的主鍵索引和非主鍵索引差別很小，只不過是主鍵索引的索引鍵是一個唯一且非空 的鍵而已。而且 MyISAM 存儲引擎的索引和Innodb 的 Secondary Index 的存儲結構也基本相同，主要的區別只是 MyISAM 存儲引擎在 Leaf Nodes上面出了存放索引鍵信息之外，再存放能直接定位到 MyISAM 數據文件中相應的數據行的信息（如 Row Number），但並不會存放主鍵的鍵值信息