HKCU refers to HKEY_CURRENT_USER
HKLM refers to HKEY_LOCAL_MACHINE
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKCU\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows
(In right-pane, Val named "Run" & "Load")
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run
HKLM\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Userinit
C:\Documents and Settings\All Users\Start Menu\Programs\Startup
C:\Documents and Settings\{Username}\Start Menu\Programs\Startup
一、當前用戶專有的啟動文件夾
這是許多應用軟件自動啟動的常用位置，Windows自動啟動放入該文件夾的所有快捷方式。用戶啟動文件夾一般在：＼Documents and Settings＼<用戶名字>＼“開始”菜單＼程序＼啟動，其中“<用戶名字>”是當前登錄的用戶帳戶名稱。
二、對所有用戶有效的啟動 文件夾
這是尋找自動啟動程序的第二個重要位置，不管用戶用什么身份登錄系統，放入該文件夾的快捷方式總是自動啟動——這是它與用戶專有的啟動文件夾的區別所在。該文件夾一般在：＼Documents and Settings＼All Users＼“開始”菜單＼程序＼啟動。
三、Load注冊鍵
介紹該注冊鍵的資料不多，實際上它也能夠自動啟動程序。位置：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼Windows＼load。
四、Userinit注冊鍵
位置：HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼Winlogon＼Userinit。這里也能夠使系統啟動時自動初始化程序。通常該注冊鍵下面有一個userinit.exe，如圖一，但這個鍵允許指定用逗號分隔的多個程序，例如 “userinit.exe,OSA.exe”(不含引號)。
五、Explorer＼Run注冊鍵
和load、 Userinit不同，Explorer＼Run鍵在HKEY_CURRENT_USER和HKEY_LOCAL_MACHINE下都有，具體位置是：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Policies＼Explorer＼Run，和 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Policies＼Explorer＼Run。
六、RunServicesOnce注冊鍵
RunServicesOnce注冊鍵用來啟動服務程序，啟動時間在用戶登錄之前，而且先於其他通過注冊鍵啟動的程序。RunServicesOnce注冊鍵的位置是：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServicesOnce，和 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServicesOnce。
七、RunServices注冊鍵
RunServices注冊鍵指定的程序緊接RunServicesOnce指定的程序之后運行，但兩者都在用戶登錄之前。RunServices的位置是：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServices，和 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServices。
八、RunOnce＼Setup注冊鍵
RunOnce＼Setup指定了用戶登錄之后運行的程序，它的位置是：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼Setup，和 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼Setup。
九、RunOnce注冊鍵
安裝程序通常用RunOnce鍵自動運行程序，它的位置在 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce和 HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce。 HKEY_LOCAL_MACHINE下面的RunOnce鍵會在用戶登錄之后立即運行程序，運行時機在其他Run鍵指定的程序之前。 HKEY_CURRENT_USER下面的RunOnce鍵在操作系統處理其他Run鍵以及“啟動”文件夾的內容之后運行。如果是XP，你還需要檢查一下 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnceEx。
十、Run注冊鍵
Run是自動運行程序最常用的注冊鍵，位置在：HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Run，和 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Run。 HKEY_CURRENT_USER下面的Run鍵緊接HKEY_LOCAL_MACHINE下面的Run鍵運行，但兩者都在處理“啟動”文件夾之前。
HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\Wds\rdpwd\StartupPrograms
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\AppSetup
HKLM\Software\Policies\Microsoft\Windows\System\Scripts\Startup
HKCU\Software\Policies\Microsoft\Windows\System\Scripts\Logon
HKLM\Software\Policies\Microsoft\Windows\System\Scripts\Logon
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Userinit
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System\Shell
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System\Shell
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Taskman
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunonceEx
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
D:\Documents and Settings\All Users.WINDOWS\「開始」菜單\程序\啟動
D:\Documents and Settings\username\「開始」菜單\程序\啟動
HKCU\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows\Load
HKCU\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows\Run
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunonceEx
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\TerminalServer\Install\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKLM\SOFTWARE\Classes\Protocols\Filter
HKLM\SOFTWARE\Classes\Protocols\Handler
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\Desktop\Components
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Active Setup\Installed Components
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Active Setup\Installed Components
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\SharedTaskScheduler
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ShellServiceObjectDelayLoad
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ShellServiceObjectDelayLoad
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ShellExecuteHooks
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Shell Extensions\Approved
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Shell Extensions\Approved
HKLM\Software\Classes\Folder\Shellex\ColumnHandlers
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Browser Helper Objects
HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\UrlSearchHooks
HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Toolbar
HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\Explorer Bars
HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Explorer Bars
HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\Extensions
HKLM\Software\Microsoft\Internet Explorer\Extensions
HKLM\System\CurrentControlSet\Services
HKLM\System\CurrentControlSet\Services
HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager\BootExecute
HKLM\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Image File Execution Options
HKLM\Software\Microsoft\Command Processor\Autorun
HKCU\Software\Microsoft\Command Processor\Autorun
HKLM\SOFTWARE\Classes\Exefile\Shell\Open\Command\(Default)
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows\Appinit_Dlls
HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager\KnownDlls
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\System
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\UIHost
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Notify
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\GinaDLL
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Taskman
HKCU\Control Panel\Desktop\Scrnsave.exe
HKLM\System\CurrentControlSet\Control\BootVerificationProgram\ImageName
HKLM\System\CurrentControlSet\Services\WinSock2\Parameters\Protocol_Catalog9
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Print\Monitors
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Lsa\Authentication Packages
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Lsa\Notification Packages
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Lsa\Security Packages
文件夾
一、當前用戶專有的啟動文件夾
這是許多應用軟件自動啟動的常用位置，Windows自動啟動放入該文件夾的所有快捷方式。用戶啟動文件夾一般在:＼Documents and Settings＼<用戶名字>＼“開始”菜單＼程序＼啟動，其中“<用戶名字>”是當前登錄的用戶帳戶名稱。
二、對所有用戶有效的啟動文件夾
這是尋找自動啟動程序的第二個重要位置，不管用戶用什么身份登錄系統，放入該文件夾的快捷方式總是自動啟動——這是它與用戶專有的啟動文件夾的區別所在。該文件夾一般在:＼Documents and Settings＼All Users＼“開始”菜單＼程序＼啟動。
注冊表
三、Load注冊鍵
介紹該注冊鍵的資料不多，實際上它也能夠自動啟動程序。位置:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼Windows＼load。
四、Userinit注冊鍵
位置:HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼ Winlogon＼Userinit。這里也能夠使系統啟動時自動初始化程序。通常該注冊鍵下面有一個userinit.exe。這個鍵允許指定用逗號分隔的多個程序，例如“userinit.exe,OSA.exe”(不含引號)。
五、Explorer＼Run注冊鍵
和load、Userinit不同，Explorer＼Run鍵在HKEY_CURRENT_USER和HKEY_LOCAL_MACHINE 下都有，具體位置是:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼ Policies＼Explorer＼Run，和HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼Policies＼Explorer＼Run。
六、RunServicesOnce注冊鍵
RunServicesOnce注冊鍵用來啟動服務程序，啟動時間在用戶登錄之前，而且先於其他通過注冊鍵啟動的程序。 RunServicesOnce注冊鍵的位置是:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼RunServicesOnce，和HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼ Windows＼CurrentVersion＼RunServicesOnce。
七、RunServices注冊鍵
RunServices注冊鍵指定的程序緊接RunServicesOnce指定的程序之后運行，但兩者都在用戶登錄之前。 RunServices的位置是:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼ RunServices，和HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼RunServices。
八、RunOnce＼Setup注冊鍵
RunOnce＼Setup指定了用戶登錄之后運行的程序，它的位置是:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼ Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼Setup，和HKEY_LOCAL_MACHINE＼ SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼
九、RunOnce注冊鍵
安裝程序通常用RunOnce鍵自動運行程序，它的位置在HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼ Windows＼CurrentVersion＼RunOnce和 HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce。
HKEY_LOCAL_MACHINE下面的RunOnce鍵會在用戶登錄之后立即運行程序，運行時機在其他Run鍵指定的程序之前。 HKEY_CURRENT_USER下面的RunOnce鍵在操作系統處理其他Run鍵以及“啟動”文件夾的內容之后運行。如果是XP，你還需要檢查一下 HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnceEx。
十、Run注冊鍵
Run是自動運行程序最常用的注冊鍵，位置在:HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼Run，和HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼ CurrentVersion＼Run。HKEY_CURRENT_USER下面的Run鍵緊接HKEY_LOCAL_MACHINE下面的Run鍵運行，但兩者都在處理“啟動”文件夾之前。
匯總如下:
＼Documents and Settings＼<用戶名字>＼“開始”菜單＼程序＼啟動
＼Documents and Settings＼All Users＼“開始”菜單＼程序＼啟動
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼Windows＼load
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Policies＼Explorer＼Run
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServicesOnce
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServices
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼Setup
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce
HKEY_CURRENT_USER＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Run
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼WindowsNT＼CurrentVersion＼Winlogon＼Userinit
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Policies＼Explorer＼Run
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServicesOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunServices
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce＼Setup
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE＼SOFTWARE＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion
http://blog.sina.com.cn/s/blog_562349090100xr8g.html