JavaSE程序可以打包成Jar包(J其實可以理解為Java了)，而JavaWeb程序可以打包成war包(w其實可以理解為Web了)。然后把war發布到Tomcat的webapps目錄下，Tomcat會在啟動時自動解壓war包。
JAR（Java Archive，Java 歸檔文件）是與平台無關的文件格式，它允許將許多文件組合成一個壓縮文件。為 J2EE 應用程序創建的 JAR 文件是 EAR 文件（企業 JAR 文件）。
JAR 文件格式以流行的 ZIP 文件格式為基礎。與 ZIP 文件不同的是，JAR 文件不僅用於壓縮和發布，而且還用於部署和封裝庫、組件和插件程序，並可被像編譯器和 JVM 這樣的工具直接使用。在 JAR 中包含特殊的文件，如 manifests 和部署描述符，用來指示工具如何處理特定的 JAR。
如果一個Web應用程序的目錄和文件非常多，那么將這個Web應用程序部署到另一台機器上，就不是很方便了，我們可以將Web應用程序打包成Web 歸檔（WAR）文件，這個過程和把Java類文件打包成JAR文件的過程類似。利用WAR文件，可以把Servlet類文件和相關的資源集中在一起進行發布。在這個過程中，Web應用程序就不是按照目錄層次結構來進行部署了，而是把WAR文件作為部署單元來使用。
一個WAR文件就是一個Web應用程序，建立WAR文件，就是把整個Web應用程序（不包括Web應用程序層次結構的根目錄）壓縮起來，指定一個.war擴展名。下面我們將第2章的Web應用程序打包成WAR文件，然后發布
要注意的是，雖然WAR文件和JAR文件的文件格式是一樣的，並且都是使用jar命令來創建，但就其應用來說，WAR文件和JAR文件是有根本區別的。JAR文件的目的是把類和相關的資源封裝到壓縮的歸檔文件中，而對於WAR文件來說，一個WAR文件代表了一個Web應用程序，它可以包含 Servlet、HTML頁面、Java類、圖像文件，以及組成Web應用程序的其他資源，而不僅僅是類的歸檔文件。
我們什么時候應該使用WAR文件呢？在開發階段不適合使用WAR文件，因為在開發階段，經常需要添加或刪除Web應用程序的內容，更新 Servlet類文件，而每一次改動后，重新建立WAR文件將是一件浪費時間的事情。在產品發布階段，使用WAR文件是比較合適的，因為在這個時候，幾乎不需要再做什么改動了。
在開發階段，我們通常將Servlet源文件放到Web應用程序目錄的src子目錄下，以便和Web資源文件區分。在建立WAR文件時，只需要將src目錄從Web應用程序目錄中移走，就可以打包了