ImageJ是一個基於java的科學圖像處理軟件，它是由National Institutes of Health開發的。可運行於Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多種平台。ImageJ能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印8位，16位，32位的圖片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多種格式。ImageJ支持圖像棧（stack）功能，即在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像， 並行處理。只要內存允許，ImageJ能打開任意多的圖像進行處理。除了基本的圖像操作， 比如縮放，旋轉， 扭曲， 平滑處理外，ImageJ還能進行圖片的區域和像素統計， 間距，角度計算， 能創建柱狀圖和剖面圖，進行傅里葉變換。
比如下面這張照片，上面有着很有規律的條紋噪聲。那么其FFT頻譜圖上面就會對應出現非常規則的亮點。這些點就是條紋在頻域空間的對應。
用ImageJ打開這張圖片，然后選擇Process -> FFT -> FFT生成頻譜圖。可以看出除中心亮點外，還對稱分布着幾個亮點：
現在，打開畫刷(Paintbrush tool)，並設置畫筆顏色為黑色，然后調整畫筆寬度：
如果擦掉這幾個亮點，再做一次FFT反變換（Process -> FFT -> Inverse FFT），那么就能夠較好的恢復原圖像：
從老照片掃描或者翻拍后，由於相紙的原因，經常會有網格圖案，影響顯示效果。下面的例子使用同樣的方法利用傅里葉變換去除原圖像中的噪聲：
但是，不可避免的，圖像會變得模糊。
另外，在ImageJ中也可以很方便的進行區域選取。如下圖所示，在工具欄上選擇橢圓形選擇工具，然后框選頻譜圖上的低頻部分，菜單欄中選擇Edit -> Clear將其擦除，即進行高通濾波（如果選擇Edit -> Clear outside，則會將選擇框外的區域擦除，即進行低通濾波）。
參考：