- 打開abbyy finereader軟件並新建一個pdf文件到word的任務，啟動對指定pdf文件的文字識別，如果pdf文件較大，識別過程會很長，因此當完成目錄頁的識別后即可停止，然后將識別出的目錄文本拷貝到excel表格中（也可以將pdf文件的目錄頁面導出，然后用abbyy finereader將導出的pdf文件轉換為word文檔，再將word文檔中的目錄文本拷貝粘貼到excel表格）。
- 對excel表格中的目錄文本進行修整。由於abbyy的文字識別准確率不能達到100%，可以對其中錯誤的文字進行適當修正。有些頁碼並不是數字形式（比如I、IV、XI等），需要替換成數字形式。將表格調整為兩列，每行文本除頁碼外的內容放置第一列（通過列合並來實現），頁碼放置在另一列。如果頁面的實際頁碼與目錄中標明的頁碼不一致，需要對每行文本的頁碼都加上（或減去）一個差值（excel很容易完成這種任務，這也是使用excel來調整目錄文本的原因），注意在調整頁碼數值之前需要移除所有的空行。
- 書簽文檔制作。新建txt文件並將excel表格中的文本復制到該文檔，對書簽文檔中的每行文本按目錄級別縮進相應數目的tab（第一級不縮進），然后將書簽文檔保存在特定目錄下。
- 打開FreePic2Pdf軟件，點擊右下角的“更改pdf”按鈕，在彈出的"更改pdf"對話框中點擊“往pdf掛書簽”標簽頁，然后選擇待修改的pdf文件、設置工作目錄（存放配置文件和書簽文檔的目錄）和編輯配置文件（接口文件），操作步驟如下圖所示。
點擊上圖中的配置文件編輯按鈕后，彈出下圖所示窗口，在[Bkmk]-->[File]配置項處填入制作好的書簽文檔的名稱，然后點擊“保存”按鈕關閉編輯窗口。接着在“更改pdf”窗口中點擊“開始”按鈕，即可在pdf文件中插入書簽（注意此操作會改動原始的pdf文件）。