首先，簡單介紹Maven。Maven是管理Java項目開發的工具，不是IDE，不是編譯工具。它只是提供了一套規則和插件，說明如何對Java項目進行開發和管理。
它的規則通過POM文件說明。對於POM文件，這里不詳細介紹，只做大致介紹。我認為，POM文件大致有兩個作用，靜態描述和動態描述。第一個作用，靜態描述，即對POM文件所在的文件夾的（子）項目的介紹，比如該（子）項目的唯一標識（坐標），該子項目的依賴，該子項目的打包方式等；第二個作用，動態描述，即如何對該（子）項目進行編譯、測試、打包等，用生命周期表示。Maven提供三個生命周期以及各個生命周期階段所需的插件，可以不改直接用，也可以根據自己的需要修改。編譯、測試、打包等不是Maven實現，而是它的倉庫中提供的插件。倉庫是用來存放插件和依賴的地方。倉庫有本地、遠程倉庫。遠程倉庫又分為：2中央倉庫、 私服 和其它公共庫。這里不做詳細介紹。
這里的任務是如何將第三包依賴包加入到最終的jar可執行文件中。
對於第三方依賴（external dependency) ，有四種方式可以使用。第一種方式，在本地倉庫中添加該依賴；第二種方式：將該倉庫deploy，放在遠程倉庫，最好大家都能訪問；第三種方式：將該依賴的scope描述為system並說明絕對路徑；第四種方式：將該依賴放在程序的自建倉庫（static project repository），並在打包的時候將其將入到最終的jar。
本文主要是說明第四種方法，也比較推薦第四種方法。因為前三種方法，要么不利於最終jar文件的分發，要么比較麻煩。第四種方法，在運行的時候不需要修改或者添加java lib path。
很多時候，當某個項目需要的依賴是第三方提供的，我這類遇到的是Jcuda。由於當時在遠程倉庫還沒有Jcuda 7.5 的依賴，就需要將其作為第三方依賴來處理。在編譯的時候使用的是第三種方法，但是因為需要再另一台機器上運行，就出現問題了。網上找了很久，有兩個說的很好。
http://blog.dub.podval.org/2010/01/maven-in-project-repository.html
http://stackoverflow.com/questions/364114/can-i-add-jars-to-maven-2-build-classpath-without-installing-them
這兩個鏈接說明了，如何將該依賴包放在程序的lib中，該文件夾如何組織才不會出錯，路徑如何。
至於如何將該依賴的jar文件打包到最終的文件中。
第一步： 將依賴文件放到程序的repository中；
第二步：在pom.xml中指明依賴；
<dependency>
<groupId>jcuda</groupId>
<artifactId>jcuda</artifactId>
<version>0.7.5</version>
</dependency>
第三步：打包
首先需要明白，maven打包有兩種，生成一個jar包或者生成一個zip包。用maven-jar-plugin來生成jar包。使用maven-jar-plugin和maven-assembly-plugin來生成zip包。
這里，我們第二種方式。即：將應用打成一個jar包，依賴的第三方包放到lib目錄下。
首先使用maven-jar-plugin，將自己的代碼編譯為jar文件；
需要注意到是這段
<archive>
<manifest>
...
<addClasspath>true</addClasspath>
<classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
...
</manifest>
</archive>
再使用maven-assembly-plugin，將整個項目打包為一個發布包
關於 maven-jar-plugin 和 maven-assembly-plugin 怎么寫，見 http://blog.csdn.net/cdmamata/article/details/51547033
也可以見：強烈推薦這個：
http://xxgblog.com/2015/08/07/maven-create-executable-jar/
其實，一團迷糊，說明對每個插件還不是很了解。如果對每個插件了解后，就不會有怎么多問題了。因為我只是在一個項目中多增減一個第三方依賴，因為它本來就需要對其他第三方依賴進行打包，所以我只需要完成前兩步就可以了。后面兩步，關鍵是對於幾個插件的使用說明。