Ubuntu下安裝gamit


2019-3-3修正

注:我這里用的是gamit10.5,系統是Ubunt 14。 

1、首先安裝過程需要全程聯網。然后剛安裝完的Ubuntu需要首先更改root密碼(僅針對裝好Ubunt后沒有修改過root密碼的用戶,如果修改過密碼,但是忘掉了,則請進入單用戶模式進行修改)。打開命令行(ctrl+alt+t), 輸入

sudo passed

 

 然后輸入兩次密碼,這個就是修改好的root密碼(在輸入密碼時屏幕不會有任何反應,所以不要以為鍵盤壞了或者系統有問題)。然后在輸入

su root

 

緊接着輸入root密碼就獲取root權限了。

2、gamit安裝需要csh(tcsh)環境、 GNU gfortran 4.2編譯器和libx11-dev庫

    • gfortran是軟件推薦使用的編譯器,ubuntu系統自帶了gcc4.2,但是卻沒有安裝gfortran編譯器。
    • libx11-dev是X11的程序開發庫,它提供的lib.h和 libx11.a(libx11.so)是Gamit安裝必須用到的兩個庫文件,主要是為Globk的提供圖形庫支持。
    • csh並不是必須的,可以用bash  shell,但是必須要有csh,因為gamit的腳本均是csh寫的,所以需要csh支持。不過可以在bash下面執行,我推薦安裝csh,但是使用bash。

3、下面開始安裝這三部分組件:

  • 安裝csh,因為有的人是剛裝完系統,所以下面有些組件在輸入命令后,系統會提示找不到安裝包,所以這里我們先更新一下系統軟件列表:

打開終端,輸入

sudo apt-get update 

更新完成后,接着輸入:

sudo apt-get install csh

系統自動下載並安裝csh

 



接下來就是要是切換csh,我建議跳過這一步

安裝完成后在終端輸入

chsh

提示:正在更改 root 的 shell

輸入當前用戶密碼后,開始登錄 Shell [/bin/bash]:

緊接着輸入命令:

/bin/csh

修改bash為csh。重新起動ubuntu,並以root身份登錄,打開終端,輸入

echo $SHELL

返回s“/bin/csh”,或者說返回的內容中包含csh,則說明shell修改成功

 



  • 安裝gfortran,接着輸入 
sudo apt-get install gfortran

系統自動下載並安裝gfortran。

  • 安裝libx11庫
sudo apt-get install libx11-dev

系統自動下載並安裝libx11-dev庫。

4、首先右鍵將gamit10.5提取到當前文件夾下,然后將gamit10.5復制到/opt文件下,執行:

sudo cp  –r  /home/wanghui(這里是你的用戶名)/桌面/10.5  /opt

5 、給install_software賦執行權限,輸入命令:

cd  /opt/10.5
sudo chmod 777 ./install_software

6 、運行安裝腳本,輸入命令:

sudo ./ install_software  

這時會提示你輸入y/n繼續,按y繼續,然后會安裝,接着會再次提示你輸入y/n,(10.6中會提示是否將更新應用到……,這時候按y就行)他是問你目錄配置是否正確,這里先不要急着輸入,首先看終端中的x11libpath和x11incpath后面有沒有顯示具體路徑,如果有,就不要動,如果沒有,就按下n,這時他會再次搜索,當完成后,終端上x11libpath和x11incpath應該就有路徑了。

注:

  • 如果這里仍然沒有提示路徑,就請回到第2步,gamit會搜索x11lib庫
  • 如果實在找不到,就用這個路徑:x11libPath:/usr/lib/x86_64-linux-gnu

                                                               x11incpath:/usr/include)

這時候他會再次提示你輸入y/n。這時另打開一個終端,將x11libpath和x11incpath路徑拷貝過去:

cd  /opt/gamit10.6/libraries

進入到這個目錄中,輸入命令:

sudo gedit Makefile.config

然后就會彈出一個文件編輯器,類似於windows下的記事本,我們需要修改一下三個地方:

  • 第一點,修改x11libpath和x11incpath,如下圖所示:

 

修改后的(忽略界面,圖是后期補的)

  • 第二點,需要修改gamit的內部參數了,在這里我們只需要將MAXATM改為25即可(MAXATM就是最大測站數,這里如果不改,后期更改就要重新安裝!)。如圖:

 

  • 第三點就是修改操作系統的版本號。新開一個終端,輸入命令:
uname -a

可以查看到系統的版本號,如圖:

這個圖中,操作系統版本號4.4.0-45,我們只取前四位即4404,記住它。把文件往下拉,就能看到OS dependeent blocks字樣,一直往下拉,找到for linux from 0.01 to 3.0.0字樣,然后我們修改OS_ID Linux 0001 3001中的"3001"字樣,記住只修改它,把它替換為4404,然后保存關掉。

這里如果不修改,會立刻報錯:

  • 第四點(一般都是64位),如果你的電腦是32位的,那么就要將該文件中的全部m64改為m32,另外 /opt/10.6/gamit/solve/Makefile.generic該文件中的所有m64也要改為m32。

6、在回到剛才安裝gamit的終端中,按y繼續安裝,中間會等一段時間,最后它會問你是否創建gg的鏈接文件,類似於windows下的快捷方式,按y確定。安裝完成后,它會提示你不要忘記設置環境變量,如圖:

 (Don't forget to set your : path to include /opt/gamit10.5/gamit/bin and /opt/gamit10.5/kf/bin 
                         : HELP_DIR environment variable in you shell profile
                           (in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/gamit10.5/help/)
                         : INSTITUTE evnironment variable in your shell profile
                           (in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work)
                           where_i_work is a 3 character identifier for your solutions)

 


 如果使用bash,就跳過第7步


 7、配置gamit的命令路徑,這一步也很重要,如果沒配置好,上面的就都白做了。如果使用csh安裝gamit的,則需要在主文件目錄下,首先按一下ctrl+h,顯示隱藏文件。然后新建一個空白文檔,並重命名為.cshrc(帶.表示是隱藏文件)(==因為你剛裝到csh shell,還沒有這個文件),雙擊那個新建的cshrc文件,復制下面的內容到該文件中:

# /etc/csh.cshrc: system-wide .cshrc file for csh(1) and tcsh(1)
# set prompt
#set prompt = "[`echo $USER@$cwd`]% "
set history = 50
#set system path
#set path = (. /bin /sbin /etc /usr/bin /usr/sbin /usr/bin/X11 /usr/X11R6/bin)
set path = (. /bin /sbin /etc /usr/bin /usr/sbin)
set path = (/usr/local/bin /usr/local/sbin /usr/local/lib /usr/lib $path)
setenv PATH "/usr/sbin:/sbin:${PATH}"
#setenv MANPATH  /usr/local/man:/usr/X11R6/man
setenv LIBPATH  /usr/lib:/usr/local/lib
#set Gamit/Globk path
set gamitpath = /opt/gg
set path = ($gamitpath/gamit/bin $gamitpath/kf/bin $gamitpath/com $path)
setenv HELP_DIR $gamitpath/help/
setenv _POSIX2_VERSION 199209
#set GMT path
#set gmtpath = /usr/lib/gmt
#set path = ($gmtpath/bin $gmtpath/include $gmtpath/lib $gmtpath/man $gmtpath/share $gmtpath/www $path)
#set path = (/etc/gmt /usr/include/gmt /usr/lib/gmt /usr/share/gmt /usr/share/doc/gmt $path)
#setenv MANPATH  "$gmtpath/man:$MANPATH"
#set full domain for GAMIT shell-scripts used to transfer data (sh_get_nav, sh_get_rinex, #sh_get_orbits, and
#  sh_get_hfiles)
set host = `\hostname | \awk -F. '{print $1}'`
set dom  = `\hostname | \awk -F. '{print $2}'`
if( $dom == '' ) then
   alias hostname 'echo $host.mit.edu'
endif

# set alias
# alias cd  'cd \!*; set prompt= '[`echo $USER@$cwd`]%''
alias pwd 'echo $cwd'

alias ls  'ls --classify'
alias ll  'ls -l'
alias la  'ls -a'
alias rm  'rm -i'
alias mv  'mv -i'
alias cls 'clear'

然后先不要關閉文件,先把set gamitpath=/opt/gamit10.6改成你自己的安裝目錄,然后保存。回到終端,輸入命令:

source ~/.cshrc

然后輸入命令:

echo $PATH

如果終端顯示的path路徑中有gamit路徑,那么就表示成功。然后新開一個終端,輸入命令:

doy

若顯示command not found則表示安裝失敗,如果顯示一大堆信息,則表示安裝成功。

 


 bash用戶配置


 8、bash的路徑配置。

  • 配置普通用戶的環境變量,打開終端,輸入:
gedit ~/.bashrc

文件末尾輸入:

export PATH=$PATH:/opt/gamit10.5/gamit/bin:/opt/gamit10.5/com:/opt/gamit10.5/kf/bin:/opt/gamit10.5/lib

export HELP_DIR=/opt/gamit10.5/help/

然后保存即可。

  • 更改root用戶的環境變量,否則root用戶無法使用gamit。

輸入命令 

sudo gedit /root/.bashrc

在文件最后輸入

export PATH=$PATH:/opt/gamit10.5/gamit/bin:/opt/gamit10.5/com:/opt/gamit10.5/kf/bin:/opt/gamit10.5/lib

export HELP_DIR=/opt/gamit10.5/help/

保存即可,如下圖所示:

重啟系統即可完成安裝!

注:

  • 如果中間安裝失敗,直接把安裝目錄刪掉重新安裝即可。
  • 郵箱:imhwang@126.com,歡迎交流gamit使用。


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