彈出“more than two alleles”的錯誤是因為ped文件中一個SNP位點上存在兩個以上的等位基因，haploview連鎖分析時默認為只有兩個等位基因，因此我們要去掉超過兩位等位基因的SNP才能做連鎖分析。
解決方案一：針對vcf格式的文件；
用到命令：--min-alleles 2 --max-alleles 2
先在linux上下載安裝vcftools軟件，下載地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html”
具體命令如下 ：
/vcftools --gzvcf your.vcf.gz --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out yourvcf_snps /vcftools --vcf /to/your/pathway/yourvcf_snps.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink --out /to/your/pathway/file
“/vcftools”指vcftools軟件在終端上的路徑
“file”是指你想保存的文件名字。
VCFtools的所有命令見此網頁：https://vcftools.github.io/man_latest.html
解決方案二：如果原始文件是plink格式，也可以用以下格式修改：
/software/plink --noweb --file filetext --snps-only --recode --out filetext_snponly