還是說下故事背景，公司有個產品，前前后后已經有三個版本了，是基於Eclipse的項目工程結構，隨着需求變更、產品發展，整個項目也變得非常龐大，當時有五六個library工程，工程引用的第三方Jar也就不說了，一二十個是有的。由於最初這個產品是基於Xamarin開發的，是使用C#作為基礎語言，所以各種原因導致項目使用了大寫包名，其實大寫包名在Eclipse上未出現什么爆炸性的問題，但是等到有一天我想把這個項目移植到AndroidStudio上，就出現了一個致命性的問題，android studio不支持大寫包名，因此只能放棄，至少在我寫博客這個時間點，android studio是無法支持大寫包名的，能編譯成功，但不能運行在設備上。當然這些都是體外話，並不重要。不過提醒各位一點的是，記得哈，Android Studio不支持大寫包名（呵呵，這個很只有少數奇葩情況有人會這么搞吧）。
問題來了，有一天公司新開業務線，也是需要做產品，由於之前那個工程功能還是比較強大，因此想基於現有工程開發出一個產品，哈哈，多么好的一個時機，這樣就可以把之前的項目更改包名移植到android stduio上了，問題也就隨之而來了，讓我編譯了兩天才把工程編譯成功，我的媽，眼睛都差點跟我看瞎了，下面說下我遇到的問題。
1、App工程無法使用本地aar的遠程依賴對象
之前我不是說公司有五六個library工程嘛，由於項目太多，而且大多是一些工具庫，封裝的一些東西，通常都不會怎么去更改，於是我就想把他們到成jar包文件（帶有資源的就打包成aar），打包這個工程就沒啥說的了，然后我把打包aar給工程引用，發現aar里面遠程依賴的一些第三方庫里面的資源無法訪問，舉例說明，比如我有個LibraryA工程，打包成了a.aar，這個遠程依賴了Retrofit，然后有個管理器類返回一個Retrofit對象，但是我發現app根本就不知道Retrofit的存在，也就是說app工程根本就無法訪問Retrofit這個對象。幾經周折，我偶然發現a.aar中以jar包形式引用的資源是可以被訪問到的，因此我就把所有的遠程依賴都換成了放在libs目錄中的jar或者aar文件，然后進行打包，這個時候工程再引用，就能夠訪問libraryA工程所依賴的資源了。
但是說實話，這種解決方式實在惡心，而且也對后續工程引用jar上增加了限制，以及jar升級之類的，這些都是問題。后來我再網上各種查找資料，找到一篇文章，當然是另一種方式解決，不過這種方式一樣還是存在前面說的依賴升級的惡心問題，不過這都是小問題，需要升級的話，升級之后再打包編譯即可，也費不了多少事情。
另外一種解決方式見：http://m.blog.csdn.net/article/details?id=50608677 別人的方式確實要比我找到的方式高級很多，而且別人還圖文並茂，我敗了。
2、Jar包的重復引用
當你遇到類似 "transformClassesWithJarMergingForDebug" "duplicate entry"等關鍵字的時候，恭喜你，幾乎可以肯定出現jar包的重復引用了。
如果在比較簡單的工程關系中，這個問題其實還是相對好解決一些，畢竟工程結構清晰，不至於讓人眼花繚亂，把人繞暈，但是也會出現比較難找的情況，下面我就說下我在轉換工程是遇到的一些情況。
1)、不同版本jar包引用：最簡單的也最容易找到的，也就是不同項目引用了同一個jar包的不同版本，比如一個引用okhttp 1.0，一個引用okhttp2.0，這種情況肯定是要刪除一個的，連Eclipse都不會讓你編譯通過。那你可能就要我，我刪掉jar包的工程怎么辦呢？刪掉了他就沒有這個jar包引用了啊，這里有兩種情況，第一種比如你A和B兩個項目各自引用了兩個不同版本的jar包，並且B依賴A項目，這個時候，讓A去依賴Jar包，B刪除Jar包，其他不用處理，因為這就好比引用傳遞，你依賴了我就不用依賴了。
2）、遠程依賴的與本地jar包版本不同：這種就復雜一些了，比如我工程中本身依賴了Okhttp-2.4版本的jar包，主要解決文件上傳下載，轉到android stduio上我想換成Retrofit作為網絡請求，這個時候運行的時候就出現重復引用了，因為retrofit2.0默認引用okhttp3.0，所以這種情況你就的知道你的遠程依賴的一些信息，那樣就更利於你解決問題（當然有log會提示什么重復定義了，這個時候根據提示慢慢解決）。
3）、同版本jar包多副本：這是啥意思，這個就是說同一個文件，你放在A和B的lib目錄中，並且各自引用，這種情況也會出現問題。不過順帶提一句，這種情況在eclipse上並不會有問題，也就是說，eclipse中，你把同一個jar包文件復制多份放在不同的工程中，編譯運行不會有問題，但是Android stduio不行。這個怎么解決呢，當然前面1）問題也提供了一些解決辦法，必然是要清理掉只剩一個，然后懵逼了，因為可能有些項目不存在引用關系，也就是A和B項目不存在依賴關系，但是由於只保留一個jar文件，必然有一個沒有，這個時候有兩種方法，當然原理是一樣，就是刪除其中一個，讓另一個項目引用另外一個項目里面的文件，這個具體怎么寫呢，我也懶得寫代碼，也就一句話，因為這也不是常規做法，常規做法是把工程中引用的jar都放到一個公共目錄中，通常可以選擇是project根目錄下的libs目錄，然后讓其他的工程都引用這里面的，這樣可以避免同個jar多個副本文件的情況。
4）、貌似就遇到上面些情況。。。
3、工程超過65536方法數限制
這個在我把工程的網絡框架增加retrofit時出現了這個問題，這個問題的解決辦法，網上一大堆，也好容易解決。
不過這里有個注意的地方：如果你的工程包含多個Module，那么每個Module都必須支持在工程的build文件中增加 multiDexEnabled true，否則你可能在編譯中遇到xx無法merge等異常。大致如下配置
defaultConfig {
...
// Enabling multidex support.
multiDexEnabled true
}
3、Library Module工程無法使用自己工程的資源文件異常
這個問題着實讓我懵逼了好久，一直到現在，就是一個Library Module工程有一些自定義控件，並且使用了項目本身包含的一些圖片資源。編譯通過了，也正常在手機上運行了，可能當使用到這個自定義控件的地方，就會出現崩潰，經調試在使用R.drawable.xxx的地方出現了NoClassDefFoundError，真的，我懵逼了，超級懵逼，連續兩天一直被這個問題折磨，因為我還有個工程，項目結構跟這個極其相似，但是他運行卻沒有問題。
之前我一個同學，說讓我嘗試提高gradle的版本，尼瑪說實話，android stduio項目管理方面的，我還真不熟，后來在他的指點下，我更換了版本，從2.4更換2.10，說實話，更換之后連編譯都不通過了，但是我隱約覺得有救了，為啥呢，在2.4上至少能編譯運行，現在連編譯都不通過了，我怎么還能覺得有救呢，直覺，后來我也看了那些錯誤信息，都是一些jar包重復引用的問題，咦，奇了怪了，前面不是解決了一些重復引用問題嗎，怎么這會兒有蹦出這樣的問題來呢，這尼瑪什么鬼，我仔細一看，跟之前的並不一樣，OK，有問題解決問題，跟着前面的步驟，再次解決，就在我還在寫文章記錄的時候（因為都是項目編譯的問題，大家都知道，反復的同步項目，clean，rebuild這些操作，是相當耗時的，需要等待很多時間，因此我就覺得應該寫點什么記錄下之前遇到的問題），就在這個時候，一切問題解決完畢，編譯，運行，尼瑪，問題沒了，我的個天，everything is ok。看來今晚可以安心吃頓肉了。
到此一個龐大結構的項目從eclipse轉移到android studio中正常編譯運行，呼呼。。
PS：關於這個問題，經過前面那一番波折，項目最終正常運行了兩天之后，又莫名其妙的出現同樣的異常，又是一番折騰，這次是處理了項目對fastjson上的依賴，之后又能正常運行了，不過在另外的界面又出現了同樣的異常，但是這次不是資源id引用引起的，又是一番折騰，由於我平時工作用的台式機，因此在台式機上折騰的時候，我嘗試在自己的筆記本上，更新了android studio，gradle，然后再筆記本上運行，莫名奇妙的就沒問題了，所以總體來講，保持IDE &gradle的更新，也許就能夠避免這種沒技術含量卻又異常折磨人的問題。
等后面有時間了在貼上詳細的問題以及過程。