R的卸載和更新安裝

R包經常會遇到各種版本不兼容的毛病，比如當前的版本相較於包，新了/舊了都是麻煩

而升級R軟件呢，最麻煩的就是之前安裝的包怎么辦？

搜羅了以下幾種方法：

方法1：

（1）直接安裝新版本

（2）然后復制舊版本的library中的文件夾到新版本的library文件夾下，粘貼。

         如果中間跳出有重名的，就不覆蓋（基礎包是需要最新的）。

（3）打開新版的R，輸入：

  
  
  
          

   
   
   
           
update.packages()
  
  
  
          

默默等待更新即可

（不過我其實不建議這種方式，他會不斷的跳出來，讓你選擇y/n/c 是/否/取消）

直接選擇程序包——更新程序包，應該就可以了吧？

方法2

使用installr包

http://cran.ms.unimelb.edu.au/

所以，還沒開始，似乎結局已經注定

如果是這樣，我不知道其意義何在呢？

不過呢，按照其他參考資料而言，應該還是很簡便的

（參考資料的發布時間最在的在2014，晚一點的也在2015，看來這個包也是經過了不少改動啊）

http://wanglongqi.github.io/r/2014/11/04/installR/（Posted on 04 Nov 2014）

方法3

在舊版本下的控制輸入：

   
   
   
           

    
    
    
            
olib <- installed.packages()[,"Package"] 
    
    
    
            


    
    
    
            
save(olib, file="oldRpackages.txt",ascii=T)
   
   
   
           

也就是，在舊版本下，讀入了所有已安裝的擴展包

我將后綴名保存為txt，並設置ascii參數為T，是為了能打開，打開能識別編碼。恩，最好使用editplus打開，不然直接用txt，格式看起來混亂。

上述語句要在卸載舊版本之前運行，然后，上述語句運行完，會在當前的工作空間（getwd()查看）文件下生成一個oldRpackages.txt文件

安裝新的R，然后在新的R中輸入：

   
   
   
           

    
    
    
            
> load("oldRpackages")
    
    
    
            
> chooseCRANmirror() #我先選擇設置鏡像，才出現此代碼
    
    
    
            
> tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
    
    
    
            
> biocLite(tobeinstalled)
    
    
    
            


    
    
    
            
錯誤: 沒有"biocLite"這個函數
   
   
   
           

 使用??biocLite，也是not fund

但事實上不是這樣的，輸入：（這是因為，他們所用的鏡像，是生物信息自己的鏡像，會加載包）

   
   
   
           

    
    
    
            
load("oldRpackages")
    
    
    
            
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    
    
    
            


    
    
    
            
 
             
 
              
       
       
       
               

        
        
        
                
試開URL’https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/bin/windows/contrib/3.3/BiocInstaller_1.22.1.zip'
        
        
        
                
Content type 'application/zip' length 58128 bytes (56 KB)
        
        
        
                
downloaded 56 KB
        
        
        
                
The downloaded binary packages are in
        
        
        
                
 C:\Users\xuan\AppData\Local\Temp\Rtmp6dKreM\downloaded_packages
        
        
        
                
Bioconductor version 3.3 (BiocInstaller
        
        
        
                
 1.22.1), ?biocLite for help
       
       
       
               
 
             
 
             
 
              
 
             
    
    
    
            


    
    
    
            
tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
    
    
    
            
biocLite(tobeinstalled)
    
    
    
            


    
    
    
            
 
             
 
              
       
       
       
               

        
        
        
                
BioC_mirror: https://bioconductor.org
        
        
        
                
Using Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.1), R 3.3.0
        
        
        
                
 (2016-05-03).
        
        
        
                
Old packages: 'Rcpp', 'survival'
       
       
       
               
 
             
 
             
 
              
 
             
    
    
    
            
Update all/some/none? [a/s/n]: a（自己輸入選擇）
   
   
   
           

報錯了........

http://blog.qiubio.com:8080/archives/3113

http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039/r-package-abouts-r （這里也提到了類似的命令）

（作者還有其他關於R的作品，蠻有意思 http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039 ）

綜上所述，我覺得，在方法2可用的情況下，可以使用2 ，否則，我還是更願意使用方法1.

卸載，進入安裝文件，找到unins000.exe

卸載完后，library文件夾還會殘留下來，但是，此時殘留的僅僅是擴展包，其他的核心基礎包，都木有啦。

安裝：

（我手賤，一開始自己選了Plain text，結果幫助文檔是在一個控制台一樣的窗口輸出的，不方便啊，無法縮放，窗口切換也麻煩）

null