解決思路：
一定是在某個文件夾存在了副本，結果果然不出所料。
當前日期是2016年3月10日，But
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\Temporary ASP.NET Files\root\fd1302ff\6f7481f8\assembly\dl3\831cbe7c\a10a72a2_8c7ad101\XXXX.DLL 2016年3月4日
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\Temporary ASP.NET Files\root\fd1302ff\6f7481f8\assembly\dl3\831cbe7c\a10a72a2_8c7ad101\XXXX.DLL 2016年3月9日
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\Temporary ASP.NET Files\root\fd1302ff\6f7481f8\assembly\dl3\831cbe7c\a10a72a2_8c7ad101\XXXX.DLL 2016年3月10日
這里明白了吧，是微軟的Framework產生的緩存文件導致的，刪除掉3月4日的和3月9日的，跑起來，可以斷點調試了。
注：紅色的是系統隨機產生的文件夾，文件要全局搜才能搞定。
產生此問題的原因在於：
網站的源代碼有一次調試以后，又更換了其他目錄，結果調試就會出現這個問題。說白了就是每次調試都會扔到緩存里面。
希望能幫到有需要的朋友！