背景:
dcm4chee是dcm4che開源項目中的一部分,是一款符合IHE規定的影像管理/歸檔應用。dcm4chee遵循DICOM、HL7標准,實現了圖像存儲、圖像提取、及健康領域的工作流程管理。dcm4chee作為一款應用程序需要預打包,然后部署到JBoss應用服務器中。借助於JBoss應用服務器的服務特性,諸如JMS、EJB、Servlet引擎、遠程控制、安全性、事務管理、持久性、消息傳遞、資源庫、並發控制、命名和目錄服務以及部署等等,dcm4chee提供了多種魯棒性強且可擴展服務,主要包括:
此外,dcm4che項目的另一部分是一個實現了DICOM協議的工具包,以dcm4che-1.x或dcm4che-2.x命名,在SourceForge官方下載文件中已經出現了dcm4che3.x的版本。dcm4chee中需要借助於dcm4che-X.X來操作醫學圖像,使用DICOM服務,目前本教程中使用的dcm4chee-2.18.0版本依賴於dcm4che1.4版本。
DCM4CHEE使用(Install dcm4chee):
如預備知識中所描述,對於只希望使用開源項目服務的用戶,可直接下載官方二進制安裝包,參照官方安裝說明操作即可,下文簡單介紹一下安裝說明目的是為了方便大家對dcm4chee所提供的服務有一個直觀的認識,也為后續自己本機構建、部署和調試dcm4chee預熱一下。
1)MySQL:版本要求在5.5+之后,下載鏈接http://dev.mysql.com/downloads/windows/installer/
2)JBoss應用服務軟件,版本為JBoss 4.2.3 GA:如果使用JDK6,需要下載jboss-4.2.3.GA-jdk6。下載鏈接為:http://jbossas.jboss.org/downloads或
http://sourceforge.net/projects/jboss/files/JBoss/JBoss-4.2.3.GA/
安裝准備:
dcm4chee基於Java語言開發,另外JBoss AS應用服務器也需要利用Java可執行環境(JRE)或開發工具包(JDK)編譯JSP,因此在開始安裝之前要先確保本地電腦已安裝Java開發環境,目前dcm4chee支持JDK5或JDK6兩個版本,這里我選擇安裝JDK6。安裝完成后需要配置JAVA_HOME環境變量,使得Java被本地應用可訪問。以Windows中的JAVA_HOME環境變量設置為例,
2.1)右鍵“計算機”,選擇“屬性”,彈出如下圖所示:
2.2)單擊上圖“高級系統設置”,彈出“系統屬性”,如下圖:
2.3)單擊上圖“環境變量”,彈出設置窗口。
2.4)在“系統變量”區域中,單擊“新建”按鈕。注:系統變量可看做是全局變量。
例如,我本機Java SDK6的安裝地址是:c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_45。輸入完畢后單擊“確定”,JAVA_HOME環境變量設置完成。
PS:關於其他系統如何設置JAVA_HOME,請參閱官方說明。
安裝步驟:
第一步,下載dcm4chee二進制安裝包,本篇說明文檔中選擇是的2.18.0版本中的mysql數據庫配置的安裝包,即dcm4chee-2.18.0-mysql.zip。
第二步,下載JBoss 4.2.3 GA,解壓到本地目錄。例如我設置本地目錄為C:\DCM4CHEE\ThirdLibrary\jboss-4.2.3.GA,之所以建立了DCM4CHEE\ThirdLibrary兩級目錄的目的是為了方便歸檔各個安裝包,你可自行設置自己本機目錄,最簡單的就是C:\jboss-4.2.3.GA。
【備注】:JBoss AS(JBoss應用服務器)的優勢在於無論使用安裝程序,還是通過二進制版本安裝,JBoss AS都不會在任何用戶不知道的地方出現一些隱藏文件或設置——例如Windows系統中的注冊表,Windows應用安裝時大多需要操作注冊表。JBoss AS和他的所有配置文件全部都放在解壓后的單獨的目錄結構里。如果想卸載JBoss AS,只要刪除頂層目錄即可。如果需要把安裝程序移動到其他地方,只需要復制整個目錄過去。
第三步,dcm4chee是依托於JBoss AS應用服務器的一款應用,因此需要將JBoss中的運行時文件拷貝到dcm4chee指定目錄下,為了確保拷貝順利在dcm4chee安裝包的bin目錄下有一個自動腳本,Windows下運行install_jboss.bat,Unix下運行install_jboss.sh。我本機是Win7 64位旗艦版,Win+R開啟cmd命令行后,輸入如下指令:
cd c:\dcm4chee-2.18.0-mysql\bin
install_jboss.bat %JBOSS_HOME%
(%JBOSS_HOME%,在命令提示行的含義就是讀取類似剛才設置的系統環境變量,當然這里我們也可直接輸入路徑C:\DCM4CHEE\ThirdLibrary\jboss-4.2.3.GA)
運行完成后,會彈出眾多文件拷貝的提示信息,如下圖所示:
該步驟就相當於我們手動拷貝JBoss運行時文件到dcm4chee對應目錄下,至於具體的拷貝對應路徑有興趣的可以查閱install_jboss.bat批處理文檔。
【注】:有些情況下,運行install_jboss.bat會出現“無法確定目標路徑”的錯誤提示,該部分原因是由於dcm4chee安裝包目錄下相關文件夾缺失或被移動所致(這種情況在后續自己構建dcm4chee中會經常發生),解決方案就是修改install_jboss.bat批處理文檔,找到關於路徑設置的相關行添加目錄查找判定,如果找不到目標文件夾,手動創建,以設置JBOSS_CONF和DCM4CHEE_CONF為例進行講解。install_jboss.bat原本的代碼是:
set JBOSS_CONF=%JBOSS_SERV%\conf
set DCM4CHEE_CONF=%DCM4CHEE_SERV%\conf
修改后如下:(由於JBoss是下載的完整安裝包,所以關於JBoss的拷貝源路徑不需要判斷)
set JBOSS_CONF=%JBOSS_SERV%\conf
if exist “%DCM4CHEE_SERV%\conf” goto skip_md
md “%DCM4CHEE_SERV%\conf”
:skip_md
set DCM4CHEE_CONF=%DCM4CHEE_SERV%\conf
如是修改可以順利完成拷貝工作。
第四步,創建PACS數據庫(如果配置了審計系統Audit Record Repository,即ARR,需要同時創建arr數據庫)。
本說明中的第一步下載了dcm4chee-2.18.0-mysql.zip安裝包,是與mysql版本相匹配的,因此需要利用提前安裝的MySQL軟件進行創建數據庫操作。具體的操作DCM4CHEE官方文檔中說的很詳細,這里在本機演示一下:
(1),進入dcm4chee-2.18.0-mysql\sql目錄下
(2),開啟mysql命令行工具,輸入指令:mysql -uroot -pdcm4chee ,運行結果如下:
【備注】:root為MySQLWorkBench默認用戶,dcm4chee是我設定的root用戶密碼。此外為了使得mysql工具行命令在任何目錄下可以使用,同樣需要安裝上文提到的添加環境變量的方式將mysql.exe的路徑添加到系統變量Path中,我本地MySQLWorkBench默認安裝路徑是:C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\,將該內容添加到系統環境變量Path后即可。
(3),開始創建PACS數據庫,在命令提示行中(經過第二步后此時命令提示行提示為:mysql>_)輸入:create database pacsdb; 運行結果如下,
(4),創建dcm4chee所需的數據表,即pacs數據庫中的各種table。不用擔心dcm4chee-2.18.0-mysql.zip壓縮包中已經給我們寫好了創建各種表的SQL語句,我本機的路徑為C:\dcm4chee-2.18.0-mysql\sql,其中create.mysql就是創建各種表的SQL指令集合,用Notepad++等文本編輯器打開即可看到SQL語句。
要想啟動create.mysql語句,需要在命令提示行中輸入:
mysql -upacs -ppacs pacsdb < create.mysql,運行結果如下,
由上圖可以,我們已順利完成pacs數據庫創建工作。
【備注】:官方說明在調用create.mysql創建table之間,調用了grant來設置數據庫權限,其整個運行如下圖所示,
此外,除了查看create.mysql文件了解pacsdb整個數據庫關系之外,在官網中也給出了詳細的數據庫設計關系表,具體可參考dcm4chee database schema。
第五步,測試安裝的dcm4chee。
進入c:\dcm4chee-2.18.0-mysql\bin\目錄下,輸入run.bat(Windows平台輸入run.bat、Unix平台輸入run.sh)即可啟動dcm4chee應用。由之前的介紹可知,dcm4chee是托管在JBoss應用服務器的醫學圖像歸檔和管理應用,因此run.bat啟動腳本就是從jboss-4.2.3.GA中拷貝過來的JBoss應用服務啟動腳本,輸入后大致的啟動狀況如下:
最終出現Started in XXX.XXX.XXXs說明JBoss應用服務器順利啟動,且由於我們已經將dcm4chee部署到了JBoss應用服務器中,因此不出意外dcm4chee應用已經被開啟。
【備注】:在啟動JBoss應用服務器時,可能會出現部分模塊安裝部署失敗的情況,這種大多是應用部署錯誤所致,例如我上圖中紅色標記的地方就有一處錯誤提示。有興趣的話可以進入到C:\dcm4chee-2.18.0-mysql\server\default\deploy目錄下排查一下原因。
此時在瀏覽器中輸入http://localhost:8080/dcm4chee-web3/,會出現登陸界面,默認用戶名admin,密碼admin,如下圖所示:
單擊“Sign in”登陸后,即可打開dcm4chee界面,如下所示:
至此,對於DCM4CHEE的使用(Install dcm4chee)的介紹已經完成了,想必通過上述介紹已經大致了解了dcm4chee這一應用的功能和依賴環境,總結一句話就是:dcm4chee是一個用Java編寫的應用於醫學圖像歸檔和管理領域的JBoss托管應用。上述整個安裝過程可以看做是安裝部署應用到JBoss AS應用服務器。了解到此程度,為我們后續自己動手構建、部署、調試DCM4CHEE打下了堅實的基礎。梳理一下思緒,准備再接再厲!!!