很多人認為方法區（或者HotSpot虛擬機中的永久代）是沒有垃圾收集的，Java虛擬機規范中確實說過可以不要求虛擬機在方法區實現垃圾收集，而且在方法區進行垃圾收集的“性價比”一般比較低：在堆中，尤其是在新生代中，常規應用進行一次垃圾收集一般可以回收70%~95%的空間，而永久代的垃圾收集效率遠低於此。
永久代的垃圾收集主要回收兩部分內容：廢棄常量和無用的類。回收廢棄常量與回收Java堆中的對象非常類似。以常量池中字面量的回收為例，假如一個字符串“abc”已經進入了常量池中，但是當前系統沒有任何一個String對象是叫做“abc”的，換句話說是沒有任何String對象引用常量池中的“abc”常量，也沒有其他地方引用了這個字面量，如果在這時候發生內存回收，而且必要的話，這個“abc”常量就會被系統“請”出常量池。常量池中的其他類（接口）、方法、字段的符號引用也與此類似。
判定一個常量是否是“廢棄常量”比較簡單，而要判定一個類是否是“無用的類”的條件則相對苛刻許多。類需要同時滿足下面3個條件才能算是“無用的類”：
該類所有的實例都已經被回收，也就是Java堆中不存在該類的任何實例。
加載該類的ClassLoader已經被回收。
該類對應的java.lang.Class 對象沒有在任何地方被引用，無法在任何地方通過反射訪問該類的方法。
虛擬機可以對滿足上述3個條件的無用類進行回收，這里說的僅僅是“可以”，而不是和對象一樣，不使用了就必然會回收。是否對類進行回收，HotSpot虛擬機提供了-Xnoclassgc參數進行控制，還可以使用-verbose:class及-XX:+TraceClassLoading、 -XX:+TraceClassUnLoading查看類的加載和卸載信息。
在大量使用反射、動態代理、CGLib等bytecode框架的場景，以及動態生成JSP和OSGi這類頻繁自定義ClassLoader的場景都需要虛擬機具備類卸載的功能，以保證永久代不會溢出。