perl 模塊的創建以及制定perl 模塊的路徑

1） perl 模塊的創建

perl 模塊的后綴名為.pm, 其中的內容和一般的perl腳本相同， perl模塊中通常放置可重用的函數以及變量，

比如創建一個fasta.pm,里面包含一個統計fasta序列中gc鹼基個數的方法：

#/usr/bin/perl 
package fasta;
use warnings;
use strict;

sub run {
    my $seq = shift;
    return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;

}    

1;

然后寫一個腳本檢測一下該模塊是否起作用：

#!/usr/bin/perl 
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

運行該腳本，輸出結果為7， 可以看出結果確實是GC鹼基的個數；

這個測試的腳本和fasta.pm 是放在同一個目錄下的， 當腳本和模塊放置在不同的目錄時，

為了使用該模塊， 就必須指定模塊所在目錄；

2) 指定perl模塊目錄

比如fasta.pm 所在目錄為/home/xudl/perl

第一種方式： 設置環境變量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

然后source ~/.bashrc 使這個新修改的環境變量生效即可；  

第二種方式， 在腳本中使用use lib

use  lib "/home/xudl/perl"；

然后就可以使用

use fasta;