和MyEclipse不一樣，在Eclipse中做的Web項目默認是不支持將項目發布到Web服務器上的，會發布到工作空間的某個目錄，因此無法在外部啟動Tomcat來運行Web項目，只有打開Eclipse中的服務器，才能運行Web項目。所以要對Eclipse進行修改，才能將做好的項目，發布到Tomcat服務器上，發布到服務器上的Webapps文件夾下。
在Eclipse中，默認會把Web項目放到Eclipse的工作空間下的.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0(或者是tmp1)\wtpwebapps\下，如果現在Eclipse中有名為access的項目，將它按以前的方式部署到服務器上，則會在上邊的目錄下，看到自己的項目了，如圖所示：
為了能將做好的Java Web項目放入到Tomcat的Webapps下，需要按照如下的步驟進行更改：
1、在Eclipse中的最底下的Servers視圖，將所有部署的項目移除，如圖所示：
2、在該服務器上，單擊鼠標右鍵選擇“Open”,或在空白處按F3快捷鍵，或者是雙擊，打開如下的頁面：
3、在“Server Locations”處選擇“Use Tomcat installation”，可以清楚的看到默認是“Use Workspace metadata”，即上邊所說的目錄。然后在Deploy的path處寫上webapps即可，如下圖所示：
修改完成之后，保存即可。這樣以后的項目都會發布到tomcat下的Webapps下了。
注意：在Eclipse中，用這種方式發布Web項目，會將原先服務器的conf文件夾被分成為backup文件夾，自己新建立一個文件夾，來作為配置Eclipse發布的Web項目。所以還是要使用MyEclipse編寫Java Web項目。