fMRI model specifictaion
GLM based
包括以下步驟:①明確GLM設計矩陣;②用經典或貝葉斯方法估計GLM參數;③利用對比向量檢查結果,生成統計參數圖(SPMs)以及后驗概率圖(PPMs)。
Design matrix:每行對應一個scan,每列對應一個影響變量或解釋變量(回歸量或解釋變量)。關於GLM(一般線性模型)網絡上有大量相關文章,
對於多被試分析,SPM通常分為兩個階段(level):
① 1st-level analysis:個體分析(within-subject)。通常有多少被試就要進行多少1st-level分析。使用 Specify fi rst level 和 Estimate 選項。這些選項的結果可以被用於做 case study。
② 2nd-level analysis:RFX analysis(Random effect analysis)。從被試推斷被試所屬主體的情況。
1st level analysis:
①Conditions:
name(1*n cell):condition name;
onsets(1*n cell):每個cell中為一保存condition開始時間的時間向量,每列對應一個condition,每行對應其出現時間(補充,心心水滴csddzh:任務刺激啟動的掃描數(如1:14:70 ,代表任務從第 1個TR 開始,每14個TR 為一個周期,共70個TR));
durations:事件時長。
一般這些信息都保存在condition.mat文件中,使用的時候直接load進來,使用Multiple Conditions.
②Regressors
設計矩陣中用來和血液動力響應做卷積的一列。之后的leave-one-out實驗要用。
暫時還沒搞清楚是不是要用Multiple Regressors。
③Factorial design
設定該選項則SPM 可以直接生成主要效應和交互作用之間必要的test:F-test(被試個體(1st level)與被試間(2nd level)的contrast image)和T-test。
根據蠟筆的視頻:被試根據三種商品顏色選擇買或者不買,那么就有兩個factor:color,3;choice,2。
SPM 默認第一個因素變化最慢,第二個因素變化第二慢...以此類推。
Factorial design一般在有復雜情況的時候才用,簡單的時候可以不用設置。
其他因素沒怎么看,因為在蠟筆的視頻里都是默認。
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fMRI model estimation
模型參數可以用經典(ReML - Restricted Maximum Likelihood)或貝葉斯算法估計。
蠟筆視頻中這一步直接使用了上一步生成(?)的SPM.mat之后用默認運行。
生成一SPM.mat,包含設計和估計的模型參數。
看結果:主面板Result。
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Factorial design specification(2nd level analysis)
配置設計矩陣,描述統計分析所需要的GLM,數據及必要的參數(保存在GLM中)。用於為2nd level analysis做准備。
Specify 2nd level analysis。