相比DAT文件，網絡上更支持CEL級別的文件。CEL已經把DAT圖像轉換成數據了，而且CEL比DAT所占空間小得多。介紹一下CEL文件的格式，CEL文件有文本文件（TextCelFile，版本3）、BinaryCelFile（二進制文件，版本4）、GenericCelFile（普通文件，版本1）三種。
1）版本3
早期的CEL文件是版本3的，因為是文本文件，所以直接用記事本打開就可以看到里面的內容了，如下是GSM2899.CEL：
[CEL]
Version=3
[HEADER]
Cols=640
Rows=640
……
DatHeader=[5..46118] AFRGV01031201:CLS=4733 RWS=4733 XIN=3 YIN=3 VE=17 2.0 03/12/ 1 17:16:25 GridVerify=None HG_U95Av2.1sq 6
……
CellHeader=X Y MEAN STDV NPIXELS
0 0 278.0 95.3 25
1 0 22909.3 5244.4 20
2 0 390.0 121.0 25
3 0 22530.0 5102.5 25
……
638 639 20835.5 3531.1 20
639 639 292.0 85.2 25
可以看到Version=3，列數Cols和行數Rows都是640。可以發現DatHeader里有很多的 ，它起到了分割字符串的作用（這是我第一次在C語言源碼里看到 這樣的亂碼），把“DatHeader=”后面的部分分割成若干部分，然后找出以“.1sq”結尾的那部分，即“HG_U95Av2.1sq”，再把“.1sq”去掉，就成功讀取出芯片型號HG_U95Av2了。CellHeader=X Y MEAN STDV NPIXELS中的X和Y指的就是探針（特征）的X坐標和Y坐標，MEAN指探針的強度，STDV是方差，NPIXELS指用多少個像素來計算MEAN和STDV。每一行是一個探針（特征）的數據，這是一個640*640的陣列，所以X會從0變化到（640-1），以此循環640次，Y也從0變化到（640-1），不過每個數要重復640次。這樣，就剛好有640*640行了。我們所要用到的數據只是MEAN那一列而已，不需要STDV和NPIXELS，而X和Y可以經過推算得出。這樣，我們就可以理解為：坐標為（0,0）的探針強度為278.0，坐標為（1,0）的探針強度為22909.3，坐標為（2,0）的探針強度為390.0……
2）版本4
后來出現了版本4的CEL文件，它們是二進制文件，直接用記事本打開會看到很多的亂碼。可以用CellFileConversionTool.exe工具進行版本3和版本4的格式轉換。把版本3轉換成版本4后，文件就小多了，因為已經去掉了X和Y這兩列的數據。該版本采用了小端字節序，下面列舉了不同數據類型的不同讀取方法：
Integer：
若用Java讀取整型數據：
如：FileInputStream fin=new FileInputStream("CEL文件的路徑");
DataInputStream din=new DataInputStream(fin);
……
/*先讀取出4個字節*/
int[] byteDataInt=new int[4];
for (int i=0;i<4;i++)
byteDataInt[i]=din.read();
/*移位，第（i-1）個字節右移i*8個字節*/
for (int i=0;i<4;i++)
byteDataInt[i]=byteDataInt[i]<<8*i;
/*再進行 | 運算*/
int result=byteDataInt[0]|byteDataInt[1]|byteDataInt[2]|byteDataInt[3];
……
若用C把完成以上的工作，就方便多了：
如：FILE *infile = fopen("CEL文件的路徑", "rb")) ;
……
int result;
fread_int32(&result,1,infile);
……
這樣，一個整型數據就被讀取出來存放在result中了。
Short：
若用Java讀取短整型數據：
int[] byteDataInt=new int[2];
for (int i=0;i<2;i++)
byteDataInt[i]=din.read();
for (int i=0;i<2;i++)
byteDataInt[i]=byteDataInt[i]<<8*i;
int result=byteDataInt[0] | byteDataInt[1];
用C語言：
fread_int16(&(result,1,infile);
Float：
若用Java讀取浮點型數據：
int[] byteDataInt=new int[4];
for (int i=0;i<4;i++)
byteDataInt[i]=din.read();
int symbol=byteDataInt[3] & 8; //get the symbol
int power=(byteDataInt[3]<<1 | byteDataInt[2]>>7)-127; //get the power
int temp= byteDataInt[2] & 127; // let the 8th bit to be 0
int a=temp<<16 | byteDataInt[1]<<8 | byteDataInt[0];
float result=1;
for (int i=1;i<=23;i++)
{
int x=a&(int)(Math.pow(2, i-1)); //keep value of the i bite and make others bites to be 0
int xx=x>>(i-1); // move the i bite to the right end;
double addCount=xx*(Math.pow(2,-(23-(i-1)))); // computing the increment
result=result+addCount;
}
result=result*(int)(Math.pow(2, power));
if (symbol==1)
result=-result;
用C語言：
fread_float32(&(result,1,infile);
以上的3個例子可以看出，Java和C語言可以實現同樣的功能，但是Java卻麻煩得多,而且實驗證明，Java花的時間會多得多。如版本4的探針強度是float型的，假如一張芯片的640*640個探針強度都用Java來讀取，將會花費很長的時間，而用C語言不足1秒就可以完成。
3）版本1
版本1在版本3的基礎上又去掉了STDV和NPIXELS這兩列，並且出現了fread_be_int32、fread_be_uint16、fread_be_float32等C語言讀取方法，這些方法都有着等效的Java實現方法，但是用Java來讀取CEL文件總是很慢的。