醫院的醫療信息系統總體可以分為兩類：一類是關於醫院管理運作的，另一類是關於臨床醫療護理的，即面向醫院管理和病人管理，前者被稱為HIS(醫院信息系統)，后者被稱為CIS(臨床信息系統)。HIS是以經濟核算為主軸，主要是實現對醫院人流、物流、財流的綜合管理；CIS是以病人為中心，直接為病人的臨床醫療、護理服務，具有臨床決策支持功能的信息系統。事實上，HIS與CIS又是相互關聯的，例如醫囑管理，既是HIS的計價收費依據，又是CIS中的診斷治療內容。
二者區別
HIS是以事務管理為主要內容，它的功能明確，數據易於結構化，其采集、處理方法簡單而固定。如病人的醫療費用管理，葯品的庫存、發放管理，人事檔案管理。
CIS是以醫療過程為主要內容，而醫療過程是一個基於醫學知識和醫療經驗的推理、決策的智能化過程，由於面對的病人個體性強而重復性差，數據不易結構化，其采集及處理涉及到醫學知識的表達和應用，醫療經驗以及決策化支持，因此較之HIS更加復雜和困難。如電子病歷、專家診療系統。
HIS與CIS在系統中心、主要數據、主要目標、服務客戶、所需資源等方面都有所不同，主要區別如下：HIS是以處理人、財、物等信息為主的管理系統，CIS是以處理臨床信息為主的管理系統;HIS是面向醫院管理的，是以醫院的人、財、物為中心，以重復性的事務處理為基本管理單元，以醫院各級管理人員為服務對象，以實現醫院信息化管理、提高醫院管理效益為目的。而CIS是面向臨床醫療管理的，是以病人為中心，以基於醫學知識的醫療過程處理為基本管理單元，以醫院的醫務人員為服務對象，以提高醫療質量、實現醫院最大效益為目的。因此，二者的區別是十分明顯的，如下表所示：
根據我國醫院現行體系結構模式、管理模式和管理程序，一般可將HIS分為以下23個模塊(子系統)
醫療門診、急診病人掛號子系統；
醫院門診收費划價和門診收費管理子系統；
醫院急診病人管理子系統；
醫院門診醫生工作站子系統；
檢驗信息子系統；
醫學影像子系統；
醫院住院醫生工作站子系統；
護士工作站子系統；
醫院病房床位管理子系統；
醫院住院病人入、出、轉院管理子系統；
醫院住院收費子系統；
醫院住院手術、麻醉管理子系統；
醫院病案管理子系統；
醫院葯品管理核算子系統；
物資管理子系統；
設備管理子系統；
醫院財務會計核算處理子系統；
醫院醫療統計分析子系統；
社會醫療保險事業管理子系統；
社區醫院預約醫療保健服務管理子系統；
醫院門診病人導醫咨詢服務子系統；
醫院領導決策分析子系統；
網友觀點
網友@x1988w：總感覺現在的HIS廠商是把HIS和CIS混合在一起的，對於用戶來說，感覺沒有什么區別!
網友@plssym：一直把CIS包含在HIS中，以為就是一體的。
網友@liangwei3love：二者分不清楚，HIS基本都包括了。
網友@luowei134：CIS是要考慮合理架構的。
網友@sheva0622：HIS嚴格意義上是整個數字化醫院建設。只是目前國內主流區別方式把這個定義縮小到只有收費、發葯等基礎功能的范圍了。CIS嚴格意義上是整個與醫院臨床工作有關系的系統，包括了電子病歷(EMR)，電子醫囑，手術麻醉等系統。不過國內現在最主流的區分方式還是將CIS中的電子病歷(EMR)划為了獨立的一個系統，其實這是不嚴謹的。
網友@zhangxjgz：
HIS-基於收費
LIS-基於化驗
PACS-基於影像處理
CIS-基於臨床醫療(含EMR、ICU等)
總結
HIS與CIS既相互區別，又相互依存、相互關聯。住院登記屬於HIS，但它提供的病人信息是CIS的信息基礎。在HIS和CIS中都涉及到LIS，但LIS在HIS中的功能主要注重申請——檢查——結果的事務性管理，而LIS在CIS中的功能更注重信息在臨床診斷、治療中的作用。
個人以為，無論是HIS、CIS還是電子病歷等信息系統，都不是獨立的，它們之間是存在交集的，並不是某個系統只能屬於HIS或CIS。