一個Web應用程序基本上由以下項目組成：
1.靜態資源(HTML，CSS，圖片，聲音等)
2.Servlet
3.JSP
4.自定義類
5.工具類
6.部署描述文件(web.xml等)、設置信息（Annotation等）
Web應用程序目錄結構必須符合規范。例如，如果一個應用程序的環境路徑（Context path）是/HelloServlet，則所有的資源項目必須以/HelloServlet為根目錄依規定結構擺放。基本上根目錄中的資源可以直接下載，若index.html位於/HelloServlet下，則可以直接以/HelloServlet/index.html來取得。
Web應用程序存在一個特殊的/WEB-INF子目錄，此目錄中存在的資源不會被列入應用程序根目錄中可直接訪問的項。即，客戶端（如Browser）不可以直接請求/WEB-INF中的資源(直接在網址上指明訪問/WEB-INF)，否則就是404 Not Found的錯誤結果。/WEB-INF中的資源項目有着一定的名稱與結構。
（1）/WEB-INF/web.xml 是部署描述文件
（2）/WEB-INF/classes 用來放置應用程序用到的自定義類(.class)，必須包括包(package)結構。
（3）/WEB-INF/lib 用來放置應用程序用到的JAR文件。
Web應用程序用到的JAR文件，其中可以放置Servlet、JSP、自定義類、工具類、部署描述文件等，應用程序的類載入器可以從JAR中載入對應的資源。
可以在JAR文件中的/META-INF/resources目錄中放置靜態資源或JSP等，例如若在/META-INF中放個index.html，若請求的URL中包括/HelloServlet/index.html,但實際上/HelloServlet根目錄下不存在index.html，則會使用JAR中的/META-INF/resources/index.html。
如果要用到某個類，則Web應用程序會到/WEB-INF/classes中試着載入類，若無，再試着從/WEB-INF/lib的JAR文件中尋找類文件(若還沒有找到，則會到容器實現本身存放類或JAR的目錄中尋找，但位置視不同實現廠商而有所不同，以Tomcat為例，搜索的路徑是Tomcat的安裝目錄下的lib目錄)。
客戶端不能直接請求/WEB-INF中的資源，但可以通過程序的控制，讓程序來取得/WEB-INF中的資源，如使用ServletContext的getResource()與getResourceAsStream()，或是通過RequestDispatcher請求調派。
Web app 默認主頁的設置：訪問URL如：localhost:8080/FirstServlet/
<welcome-file-list>
<welcome-file>index.html</welcome-file>
<welcome-file>default.jsp</welcome-file>
</welcome-file-list>
如果找不到以上的文件，則會嘗試至JAR的/META-INF/resources中尋找已放置的資源頁面。
整個Web應用可以被封裝為一個WAR文件，如FirstServlet.war，以便於部署至Web容器。