1.對apk使用apktool反編譯出可調試的smali代碼到out文件夾
apktool -d d 定點加粉絲_com.mingniu.wxddjfs_440.apk -o out
這里必須使用-d參數，這樣反編譯出來的代碼后綴均是java，因為只有java文件才能被eclipse/netbeans識別調試
2.設置調試標記和尋找主類
在輸出的out文件夾中，用文本編輯工具打開AndroidManifest.xml，在application節點中設置屬性android:debuggable="true"。
繼續在AndroidManifest.xml中，搜索以下關鍵字
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.MAIN"/>
<category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/>
</intent-filter>
找到含有以上信息的activity節點，記錄其android:name屬性的值，該值則為其應用的主類。如下面的例子，主類為 .ui.HomeActivity
<activity android:label="@string/app_name" android:name=".ui.HomeActivity" android:screenOrientation="portrait" android:windowSoftInputMode="stateHidden">
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.MAIN"/>
<category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/>
</intent-filter>
</activity>
3.在主類的onCreate事件中添加調試等待。
grep -rn "HomeActivity" * 找到主類文件，
用文本編輯工具打開主類文件，找到onCreate方法，在第一句前插入invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V，記得添加a=0;//的前綴保持上下一致，結果如下：
a=0;// # virtual methods
a=0;// .method protected onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
a=0;// invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V
a=0;//
a=0;// .locals 1
a=0;// .param p1, "savedInstanceState" # Landroid/os/Bundle;
a=0;//
a=0;// .prologue
a=0;// .line 11
a=0;// invoke-super {p0, p1}, Landroid/app/Activity;->onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
4.保存文件，用apktool重新編譯打包為debug.apk
apktool b -d out -o debug.apk
5.對debug.apk簽名(需要下載簽名工具)，我把簽名工具放在了signapk文件夾下，生成debug.sign.apk
java -jar ./signapk/signapk.jar ./signapk/testkey.x509.pem ./signapk/testkey.pk8 ./debug.apk ./debug.sign.apk
6.上傳debug.sign.apk至手機或模擬器，然后安裝並運行。這時你會看到程序運行后停留在白屏界面，這時不要動設備和退出程序，因為程序現在是運行到剛才添加的waitForDebugger代碼這里，這行代碼的意思是一直掛起中，等待調試器。
adb install debug.sign.apk
下面開始設置實時調試的環境。
7.啟動eclipse，構建java項目
1) File -> New -> Project -> Java Project -> Next
2) Project Name隨便起，Use default location選項去掉，Location選擇out文件夾，然后Next
3) 把smali文件夾設為Source Folder，然后Finish
8.在eclipse中，打開第2步找到的主類，並找到onCreate方法，在waitForDebugger后面的第一個方法開始添加斷點。如下圖
9.打開DDMS（路徑在%android-sdks%\tools\ddms.bat），如果在第6步中運行了修改后的程序，在DDMS的設備列表中會顯示可以調試的程序。
對應程序最后一欄為8600/8700，其中8600即為調試該程序的端口。
用DDMS沒有獲得調試端口信息，我用的是monitor，如下圖
對應程序最后一欄為8611/8700，其中8611即為調試該程序的端口。 關閉monitor
10.現在要做的就是把代碼與調試程序關聯即可。 回到eclipse，配置遠程調試
1) 菜單Run ->Debug Configurations
2) 雙擊Remote Java Application，Host處默認localhost就行，Port填第10步得到的8611，然后Apply -> Debug。
11.這時eclipse自動切換至debug視圖，並看到程序已經運行並中斷在下一行可執行的代碼了，相關的變量可以直接查看了。
總結
已經可以用eclipse調試smali了，上面的例子是從程序開頭的地方開始調試，但要調試到自己所關心地方的代碼處確實麻煩。建議先用jd-gui等軟件直接查看反編譯的java代碼，確定要調試的位置后，再進入smali定位斷點並實時調試，就可以事半功倍。如果不需要在程序的開頭調試的話，建議把第三部的代碼注釋掉。
相關工具可以在這里下載
apktool: https://code.google.com/p/android-apktool/
dex2jar: https://code.google.com/p/dex2jar/
jd-gui: http://jd.benow.ca/
參考：
http://www.cnblogs.com/litou/p/3539281.html
https://code.google.com/p/android-apktool/wiki/SmaliDebugging