兩個問題也可以說是一個問題。
起因是很久沒簽名打包了，想要打個包出來測試，結果發現卡在最后一個頁面，等了非常久還沒反應，但是能取消。
解決過程
發現假如在project.properties文件里取消混淆文件的關聯就可以正常簽名。
由於之前的版本是可以正常混淆簽名的，還好有svn，挑了幾個可能會出現問題的版本還原回去打包測試，第二次就測出來了，
果然是極光推送的問題，看來很多人說極光推送不好用還真不是沒道理。
之后發現忘記在混淆文件忽略極光的jar包和包名了，查了極光的官方文檔，加上去后再次嘗試，問題依舊。
一番折騰后發現極光的文檔有說要把sdk的proguard文件升級到最新，順着他的鏈接點擊過去，發現最新版本5.1。
下載替換后發現第二個問題：console報The same input jar is specified twice的錯誤，檢查libs文件和build path相關的libs之后發現也沒有重新引用，奇怪了。
搜索一下發現有網友說把eclipse升級到最新版本有這樣的問題，給出的解決方案也跟我上面兩步檢查差不多，
於是轉戰stackoverflow，發現類似問題還比較少，下面的回答無非也是檢查引用之類的，然后看到有個網友回復說好像是sdk版本的問題。
難道最新的sdk tools不能用？結合有人說eclipse升到最新有這樣的問題，所以基本可以肯定是proguard的問題，於是我去找了個不是那么新的版本，4.11，問題解決
總結
極光那邊為什么用舊版本的混淆工具不能用就不知道了。關於為什么報The same input jar is specified twice，
有同事在猜會不會是eclipse版本跟proguard不兼容的問題，個人覺得可能性不大，因為ide在這邊應該只起了調用proguard工具的作用，所以也沒去嘗試。