Hmmer安裝與使用

從功能基因研究的角度來講，相關的搜索，比如從序列數據庫中，找同源的序列，或者對一個對一個新的基因功能進行鑒定，使用hmmer比使用blast有着更高的靈敏度已經更高的搜索速度，但其應用還遠沒有blast普及。

對於Mac OS/X, Linux, UNIX系統，用源代碼編譯安裝：

 % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check

windows系統，直接下載二進制壓縮包，解壓就可以使用，下載地址：

hmmer包含的程序
phmmer：與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜索蛋白質序列庫；
> phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
jackhmmer：與psiBlast類似，蛋白質序列迭代搜索蛋白質序列庫；
> jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
hmmbuild：用多重比對序列構建HMM模型；
hmmsearch：使用HMM模型搜索序列庫；
hmmscan：使用序列搜索HMM庫；
hmmalign：使用HMM為線索，構建多重比對序列；
> hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
hmmconvert：轉換HMM格式
hmmemit：從HMM模型中，得到一個模式序列；
hmmfetch：通過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；
hmmpress：格式化HMM數據庫，以便於hmmscan搜索使用；
hmmstat：顯示HMM數據庫的統計信息；
使用HMM模型搜索序列數據庫

使用hmmbuild構建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm為輸出的HMM模型
使用hmmsearch搜索蛋白質序列數據庫，蛋白質序列數據庫為FASTA格式，命令如下：
> hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
globins4.out為輸出的結果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白質序列搜索HMM數據庫

構建HMM數據庫，HMM數據庫是包含多個HMM模型的文件，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構建，如：
> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
> hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
> hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto
> cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam
使用hmmpress格式化數據庫，包括壓縮以及創建索引，命令如下：
> hmmpress minifam
這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：
Working… done.
Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
Models pressed into binary file: minifam.h3m
SSI index for binary model file: minifam.h3i
Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
使用hmmscan搜索HMM數據庫，命令如下：
> hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
輸出如下：

這里主要是一個入門式的教程，介紹了hmmer的安裝，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每個程序的詳細參數說明，請參看官方手冊，
官方文檔手冊（pdf）：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf

使用中，遇到的問題，或者疑難，可以留言討論。內容轉自：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753