原文轉自：http://gossipcoder.com/?p=762
鑒於經常折騰一些網絡數據，為了忽悠老板、聽眾和審稿人，經常要生成一些復雜網絡的圖片——某些時候還得帶點交互功能。羅列一下自己常用的復雜網絡可視化工具，完完全全是以偏概全。
- Cytoscape
曾經的最愛，還折騰過其文檔的中文化。一大票的著名大學和大企業聯合開發出來的東西，最初是專注於生物網絡的可視化和相關數據的融合，隨着功能不斷的擴展，已經成為了面向各種復雜網絡的可視化工具。不過強項依然是生物網絡，最吸引的人是眾多的插件和強悍的數據融合能力。不過，在3.0版本出來之前，想要在命令行完成所有操作是不可能的。基於Java的桌面圖形應用，加上強悍的互動能力，在性能方面讓人難以忍受。寫插件時會發現文檔里面有很多未注釋的接口，只能從接口名稱猜功能。
針對Web應用的網絡數據可視化工具，看名字就知道跟Cytoscape有千絲萬縷的聯系。Flash加Javascript組成的工具，可以嵌在網頁中顯示復雜網絡，交互功能比較彪悍。用這玩意寫過一個簡單的數據展示網頁，關於乳腺癌的。跟Cytoscape一樣，這玩意在處理大網絡時性能也不怎么樣。不知道什么時候能進化到HTML 5。
- R的igraph包
igraph是一個C++的庫，有C++、Python和R的接口。作為R的用戶，自然是選用R的接口。igraph的效率要高得多，在批量生成圖形時，也非常方便。但缺點是，各種類型的數據融合都要自行處理，必須要去熟悉Bioconductor里面的很多包。
- Perl的GraphViz包
簡單，方便。GraphViz本來是一組用於繪制復雜網絡的工具，有很多開發語言都對其進行了封裝，提供了接口，包括Perl。CPAN上的Graphviz包就是用於調用GraphViz的。
關於作者
陳鋼, 華大基因, 研究員
長沙土鱉，Linux系統初級管理員，Perl入門級程序員，R菜鳥，LaTeX愛好者，Python學習者，業余Web開發人員，生物信息學和系統生物學門外漢~