我的電腦：Fedora－19
$ uname -a
Linux localhost.localdomain 3.11.10-200.fc19.i686 #1 SMP Mon Dec 2 20:48:22 UTC 2013 i686 i686 i386 GNU/Linux
使用xmodmap工具進行修改，使用man xmodmap，里面就有交換按鍵caplock（大小寫切換鍵）和右ctrl鍵的例子，
如果您的修改不同，可以做相應的替換即可。我就是參考這個例子對我的右Alt鍵和Ctrl鍵進行修改的。
下面先看man自帶的例子
!
! Swap Caps_Lock and Control_L
!
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Caps_Lock
add Control = Control_L
將上面的語句寫入文件，例如keymaprc，然后xmodmap keymaprc即可生效，
因為這個是交換鍵的功能，如果您執行第二次的話，按鍵就又會恢復回來的。
注意：這個修改只對當前有效，電腦重啟會失效，得重新輸入命令。
下面是我自己的修改，把keymaprc命名為隱藏文件: .keymaprc，放在$HOME目錄下。
$ cat ~/.keymaprc
remove Control = Control_R
remove mod1 = Alt_R
keysym Control_R = Alt_R
keysym Alt_R = Control_R
add Control = Control_R
add mod1 = Alt_R
然后執行 $ xmodmap ~/.keymaprc
這樣就生效了
為了更加修改按鍵，不想很次都輸入xmodmap ~/.keymaprc這么長的命令，可以將命令寫入文本，放到$PATH路徑下，下面是我的做法
$ touch swkey
$ echo "xmodmap ~/.keymaprc" > swkey
$ chmod +x swkey
$ sudo mv swkey /usr/bin
$ swkey #現在想交換兩個按鍵就直接輸入這個命令,無論在什么路徑下都可以，也不用記文件路徑，會比較方便
備注：
alt對就MODIFIERNAME為mod1，可以在man文檔中找到其他的MODIFIERNAME，也可以直接xmodmap查看，window鍵應該對應mod4
$ xmodmap
xmodmap: up to 4 keys per modifier, (keycodes in parentheses):
shift Shift_L (0x32), Shift_R (0x3e)
lock Caps_Lock (0x42)
control Control_L (0x25), Control_R (0x69)
mod1 Alt_L (0x40), Alt_R (0x6c), Meta_L (0xcd)
mod2 Num_Lock (0x4d)
mod3
mod4 Super_L (0x85), Super_R (0x86), Super_L (0xce), Hyper_L (0xcf)
mod5 ISO_Level3_Shift (0x5c), Mode_switch (0xcb)