Java Web應用程序需要部署在Java web服務器中運行，常用的Java Web服務器有Tomcat、GlassFish、WebLogic、JBoss、WebSphere、Jetty、JRun等。
Tomcat：http://tomcat.apache.org/
Tomcat是Apache 軟件基金會（Apache Software Foundation）的Jakarta 項目中的一個核心項目，由Apache、Sun 和其他一些公司及個人共同開發而成。由於有了Sun 的參與和支持，最新的Servlet 和JSP 規范總是能在Tomcat 中得到體現，Tomcat 5 支持最新的Servlet 2.4 和JSP 2.0 規范。因為Tomcat 技術先進、性能穩定，而且免費，因而深受Java 愛好者的喜愛並得到了部分軟件開發商的認可，成為目前比較流行的Web 應用服務器。目前最新版本是7.0。
GlassFish：http://glassfish.java.net/
GlassFish 是一款強健的商業兼容應用服務器，達到產品級質量，可免費用於開發、部署和重新分發。GlassFish 用於構建 Java EE 5 應用服務器的開源開發項目的名稱。它基於 Sun Microsystems 提供的 Sun Java System Application Server PE 9 的源代碼以及 Oracle 貢獻的 TopLink 持久性代碼。該項目提供了開發高質量應用服務器的結構化過程，以前所未有的速度提供新的功能。這是對希望能夠獲得源代碼並為開發 Sun 的下一代應用服務器（基於 GlassFish）作出貢獻的 Java 開發者作出的回應。該項目旨在促進 Sun 和 Oracle 工程師與社區之間的交流，它將使得所有開發者都能夠參與到應用服務器的開發過程中來。
WebLogic：http://www.bea.com/
WebLogic是美國bea公司出品的一個application server確切的說是一個基於Javaee架構的中間件，BEA WebLogic是用於開發、集成、部署和管理大型分布式Web應用、網絡應用和數據庫應用的Java應用服務器。將Java的動態功能和Java Enterprise標准的安全性引入大型網絡應用的開發、集成、部署和管理之中。
JBoss：http://www.jboss.org/
JBoss是全世界開發者共同努力的成果，一個基於J2EE的開放源代碼的應用服務器。 因為JBoss代碼遵循LGPL許可，可以在任何商業應用中免費使用它，而不用支付費用。2006年,Jboss公司被Redhat公司收購。JBoss是一個管理EJB的容器和服務器，支持EJB 1.1、EJB 2.0和EJB3.0的規范。但JBoss核心服務不包括支持servlet/JSP的WEB容器，一般與Tomcat或Jetty綁定使用。
WebSphere:http://www.ibm.com/software/websphere
WebSphere 是 IBM 的軟件平台。它包含了編寫、運行和監視全天候的工業強度的隨需應變 Web 應用程序和跨平台、跨產品解決方案所需要的整個中間件基礎設施，如服務器、服務和工具。WebSphere 提供了可靠、靈活和健壯的軟件。
Jetty:http://www.eclipse.org/jetty/
Jetty 是一個開源的servlet容器，它為基於Java的web內容，例如JSP和servlet提供運行環境。Jetty是使用Java語言編寫的，它的API以一組JAR包的形式發布。開發人員可以將Jetty容器實例化成一個對象，可以迅速為一些獨立運行（stand-alone）的Java應用提供網絡和web連接。
JRun：http://www.adobe.com/products/jrun/
JRun是由Allaire公司開發的JAVA服務器軟件，它支持JSP1.1、Servlet2.2規范，目前最新的版本是JRun4，但是它的下載是要付費，它是Micromedia的一個應用服務器，它基於Sun公司的Java2平台企業版(J2EE)。JRun由Java服務器頁面(JSP)，Java servlet，企業版JavaBean，Java事務服務(JTS)，和Java消息服務(JMS)組成。JRun和許多最流行的Web服務器一起合作，其中包括Apache，Microsoft的Internet信息服務器(IIS)，以及任何其他支持Internet服務器應用程序接口(ISAPI)或Web的公共網關接口(CGI)的Web服務器。
JRun有4個版本：開發者，專業，高級和企業版。開發者版本包括了整個的JRun包，但是它只對開發使用具有權限，並且限制在3個並發的連接。高級版本是為在機群服務器環境中配置JSP和servlet應用程序而設計的。只使用一個服務器上的servlet和基於JSP的Web應用程序的公司應該使用專業版。建立和展開電子商務Java應用程序的公司可以使用企業版。
Allaire公司先被Macromedia公司，然后Macromedia又被Adobe公司收購，故該軟件現歸Adobe公司所有。