fmri數據分析圖像格式及轉換問題——基於spm討論


1.幾大常用格式

這張ppt介紹了現在常用的三種格式:dicom主要由掃描器產生,一般是一個slice一個文件;analyze 格式= .img/.hdr spm下用的最多;nifti ,由fsl & afni & spm幾個老大哥共同確定的格式,支持3d或者4d。

 

 

2.利用spm的dicom import 把dicom原始數據轉換成分析格式

 

  一般從sanner拷出來的文件夾中,每一個文件夾里的dicom文件,代表一個被試一次run的結果。spm會自動將dicom轉成hdr/img格式。

3.利用matlab從hdr/img中讀取文件信息,繪圖,抽取出矩陣數據等等。

  學會使用spm自帶的兩條命令:spm_vol :讀取相應的img文件的hdr文件信息;

                spm_read_vols:按照矩陣格式,讀取img文件內容。

 

 

4.利用matlab 批量讀取img文件,然后自動轉換成四維的數據。(這張ppt的spm_get命令似乎有問題,最好還是利用其他方法進行3d-》4d)

 

5.繪制時間序列

 5.利用spm進行3d轉4d:
  hankfully, SPM has a semi-hidden utility for this conversion.

The GUI is located within the Batch Editor’s SPM>Util menu, and be default saves the specified 3D NIFTI images to a single 4D NIFTI image within the same directory.

6. 把nii格式轉成hdr和img格式

  利用mricron軟件的import—》 convert nifti .nii to .hdr/.img

 


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