from:http://bbs.hiapk.com/thread-1151284-1-1.html
1.安裝java，這個自己去網上下載，這里不給地址了；
2.下載工具，這里我給個工具包 tools（其實也是我在壇子里找的，對分享者表示感謝），解壓縮后使用；解壓后有這些文件：
<ignore_js_op>
3.把想合並的apk和odex放在解壓后的tools文件夾下面；
4.要把該apk和odex 文件所在的MOD 里的五個文件同時放在tools文件夾下面，者五個文件是：core.jar、ext.jar、services.jar、framework.jar、android.policy.jar；如果MOD里有這五個文件的odex文件，只需要五個文件的odex文件就可以了（多謝 釋放 提醒）。其實在你把odex文件拖到deodex后，如果文件不全，會有錯誤提示缺少那個文件的。
5.下載簽名軟件。
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前面的准備工作做好之后就可以開始主要的操作了（以123.apk和123.odex為例）：
1.將123.odex拖放到deodex.cmd上面去，出現下面的窗口后，按任意鍵結束，此時會在tools文件夾下生成一個123文件夾；<ignore_js_op>
2.將123文件夾拖放到odex.cmd，出現下面的窗口后，按任意鍵結束，此時會在tools\123文件夾生成classes.dex；
<ignore_js_op>
3.用好壓工具打開123.apk，不要解壓縮，將得到的classes.dex拖進去；
<ignore_js_op>
4.保險期間，將加入了classes.dex的123.apk重新簽名；
5.把上一步的123.apk放到 簽名 文件夾下面，雙擊Sign.bat，等待片刻會生成123-signed.apk，這個就是可以安裝的apk文件了，拿去安裝使用吧！<ignore_js_op>
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所有步驟就是這些了，教程終於完成了，自己實踐的步驟，下面你懂得……
所用到的tools和簽名工具在壇子都有，搜索一下，應該能找到，要不改天補上……
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現在2.2和2.3系統已經很多了，想合並2.2或2.3系統的文件的TX也有，原來上傳的工具之支持2.1的文件，現在更新其中的smali和baksmali為1.2.6版，能夠支持2.2和2.3了，附件加壓后把文件名的“-1.2.6”刪去，即文件名為smali和baksmali后替換原來tools文件夾內的文件就可以了，其他文件不用替換，操作過程依舊！
可能出現的問題：
1：
為了將ROM中system/app下的CertInstaller.odex反編譯為CertInstaller.dex，輸入命令：
“java -jar baksmali.jar -x CertInstaller.odex”
出現如下錯誤：
org.jf.util.ExceptionWithContext: Cannot locate boot class path file /system/framework/core.odex
at org.jf.dexlib2.analysis.ClassPath.loadClassPathEntry(ClassPath.java:2
17)
at org.jf.dexlib2.analysis.ClassPath.fromClassPath(ClassPath.java:161)
at org.jf.baksmali.baksmali.disassembleDexFile(baksmali.java:59)
at org.jf.baksmali.main.main(main.java:274)
提示的意思是缺少“core.odex”，於是將core.odex放到當前目錄，重新輸入命令，還是出現同樣的錯誤！
解決方法：在當前文件夾下新建system文件夾，並在system文件夾下建立framework文件夾，然后將
常用的一些odex放入framework文件夾下，如core.odex, ext.odex, framework.odex, android.policy.odex, services.odex（在相應ROM中system/framework/下提取，或從相應源碼中out/.../system/framework/獲得)，
再輸入命令：
java -jar baksmali.jar -d ./system/framework -x CardManager.odex
按照它的提示缺哪個就將相應的odex放入framework文件夾，直到命令成功運行不報錯誤，成功后會在
當前文件夾下會生成一個out文件夾
最后輸入命令：
java -Xmx512M -jar smali.jar out -o classes.dex
即可生成classses.dex文件
2：NullPointExcpetion的問題
smali和baksmali的版本不對，請到
3：
UNEXPECTED TOP-LEVEL EXCEPTION:
java.lang.RuntimeException: bad magic value: 64 65 79 0a 30 33 36 00
at org.jf.dexlib.DexFile.<init>(DexFile.java:382)
at org.jf.baksmali.main.main(main.java:249)
繼續換版本，換成了1.2.6問題解決
總結一下：1.3.3可能是為4.0+准備的，所以很多的2.3.6的odex無法正常編譯。