blat是一款很經典的比對工具，與blast相比，具有速度快、共線性輸出比對結果等優點。但是，blat源碼包里面的README文件寫得很不清楚，這里，我來提供一份詳細的安裝文檔。
0、下載地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
1、解壓 blastSrc.zip文件夾，並進入blastSrc；
2、在bash下輸入"uname -a"(不要加雙引號)查看Linux版本類型，我的機器得到下面信息：
3、我們只需要第2步驟里面類似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，針對我的系統，就是x86_64
4、在bash下輸入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加雙引號)並回車
5、新建~/bin/$MACHTYPE文件夾(針對我的機器，就是~/bin/x86_64)，在bash下輸入"mkdir ~/bin/x86_64"(不要加雙引號)並回車
6、在bash下輸入"make"(不要加雙引號)並回車
7、將"~/bin/x86_64"加入環境變量export PATH=~/bin/x86_64 8、這樣我們就將blat安裝好了。 注意：第7步最好是將blat的絕對路徑寫入到~/.bashrc文件中，即在"export PATH="后面插入"~/bin/x86_64:"(不要加雙引號)，然后source ~/.bashrc更新環境變量，即可永久使用。 上述方法不要求具有root權限，非root用戶照樣可以使用。 blat的使用教程請參考：http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html