在Eclipse中只要創建一個Dynamic Web Project，就可以根據創建向導創建出一個典型Java Web站點的目錄結構。除非有特殊需要，在大多數情況下都沒有必要修改這個目錄結構，這也是Web容器的缺省目錄結構，我們只要直接使用即可。一般的目錄結構如下：
WebContent (站點根目錄)
|---META-INF (META-INF文件夾)
| |---MANIFEST.MF (MANIFEST.MF配置清單文件)
|---WEB-INF (WEB-INF文件夾)
| |---web.xml (站點配置web.xml)
| |---lib (第三方庫文件夾)
| | |---*.jar (程序需要的jar包)
| |---classes (class文件目錄)
| |---...*.class (class文件)
|---<userdir> (自定義的目錄)
| |---*.jsp,*.js,*.css (自定義的資源文件)
|---<userfiles> (自定義的資源文件)
WEB-INF:是Java的WEB應用的安全目錄。所謂安全就是客戶端無法訪問，只有服務端可以訪問的目錄。如果想在頁面中直接訪問其中的文件，必須通過web.xml文件 對要訪問的文件進行相應映射才能訪問。
META-INF:文件夾相當於一個信息包，目錄中的文件和目錄獲得Java 2平台的認可與解釋，用來配置應用程序、擴展程序、類加載器和服務。