R語言-Knitr包的詳細使用說明
by 揚眉劍 來自數盟【總舵】 群：321311420
1.相關資料
-
1：自動化報告-謝益輝 https://github.com/yihui/r-ninja/blob/master/11-auto-report.md
-
2：knitr與可重復的統計研究（花絮篇） http://cos.name/2012/06/reproducible-research-with-knitr/
-
3：knitr官網 http://yihui.name/knitr/ 在官網中有謝益輝自己錄制的一段英文的講解視頻
我的學習都是從以上三個資源中獲取。所以特意在文件夾中把1，2轉換為PDF， 希望大家仔細閱讀。
文件夾中還有一個knitr-refcard.pdf,里面包括了一些常用的參數
2.環境
我們需要的是安裝過knitr包的RStudio。然后在Tools-option-Sweave-weave Rnw files using -選擇knitr (操作演示),新建一個test.Rmd然后后面的內容都在其中示范。
3.1 Markdown 是什么，如何寫Markdown
Markdown 是一種輕量級標記語言。類似HTML，但是比html簡單的多，我在文件夾中放了一個markdown的語法說明。 大家具體可以用一段時間學會。我們這里知道這么幾點就可以了。標題，一個#后面跟一個空格代表一級標題，2個## 后面跟一個空格代表二級標題。
- how are you 斜體
- how are you 加粗
具體的語法看文件夾中的 Markdown語法說明（簡體中文版）
3.2 在Markdown中寫R代碼
首先我們要新建一個Rmd的文件，或者在File-new file-R markdown，新建一個Rmd的文件。操作 Markdown中的R語言的代碼是三個后引號（也就是在鍵盤左上角，Esc下面的那個鍵）然后后面加上{r}開始,{r,} 大括號中，r字母后面可以加入不同的參數。然后以三個后引號結束。當然都是在英文狀態下輸入的。
a = 1:10 #**代碼的運行** Run 或者Ctrl+Enter
b = 11:20
a #代碼的注釋用#號開頭
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
3.3 是否計算代碼塊參數 eval
是否計算代碼塊中內容的選項。 兩個選項：TURE或者FALSE
# ```{r,eval=FALSE}
a
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
b
## [1] 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
eval是計算代碼塊中的內容。當eval=TRUE，計算，所以會在html中會顯示代碼運行的結果，反之，不計算，不顯示。
還可以是數字選項,我們看一下下面兩段代碼的區別
## # ```{r,eval=C(1)} ```{r,eval=-c(1)} #前面加一個負號，表示排除的意思
a
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
## b
也就是可以用eval=c()來控制那些行代碼運行，那些不運行。
3.4 文本輸出相關參數
echo 兩個選項：TRUE或FALSE,或者是數字，用來控制那些行輸出，那些行不輸出。
# ```{r,echo=FALSE} ```{r,echo=c(1)} ```{r,echo=-c(1)}
a
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
b
## [1] 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
對比上面兩個的結果，我們可以看出,echo是控制代碼輸出的，但echo=TRUE的時候，在html中是輸出代碼的，當echo=FALSE的時候是不輸出代碼的。 warnings
error
message
以上都有兩個選項，也就是假如代碼中有警告的信息，報錯的信息，或者其他的信息，在 最后的報告中是否顯示，TURE是顯示，FALSE是不顯示。
3.5 代碼修飾參數
3.5.1 tidy
# ```{r,tidy=FALSE} 首先安裝formatR這個包 install.packages('formatR')
a = 100
b = 100
這里還有一個tidy.opts
# ```{r,tidy.opts=list(keep.blank.line=FALSE)}
a = 100
b = 100
3.5.2 prompt
這個就是是否顯示在R默認窗口中的>, 一般來說，FALSE是默認選項。沒人希望在每一行都輸出>
# ```{r,prompt=TRUE}
a
## [1] 100
3.5.3 comment
默認情況下我們生成HTML格式的文件，所有的運行結果前面都有兩個##號(演示)
在這里我們可以通過comment選項改變,當然這里一般不用改變，沒有什么意義。前面是#號，可以在我們復制代碼的時候， 這里的結果不會被運行。
a
~~~~ [1] 100
3.5.4 highlight 代碼高亮選項
我沒有發現什么變化，大家自己探索一下。
# ```{r,highlight=FALSE} install.packages('highlight')
data = c("1", "2")
for (i in a) {
c = i
}
3.6 緩存參數 cache
cache是代碼塊計算得到的緩存，可以是True也可以是False。默認為False，也就是每一次生成knit HTML，都會重新計算里面的每一個代碼塊。但是如果我們的代碼非常的復雜。如果我們不希望每一次都重新運行，所有的代碼塊，那么我們可以設置cache為TRUE。 也就是，當代碼塊第一次運行的時候會把結果保存下來，然后當我們生成HTML的時候，就不用再重新計算，而是直接把前面保存的結果哪里，當程序復雜度高的時候，這個會節約 一定的時間。
3.7 Plot 作圖參數
3.7.1 fig.width fig.height
# ```{r,prompt=TRUE}
a
## [1] 100
3.7.2 fig.show = 'asis' 'hold' 'animate' 'hide'
- asis：表示在哪里生成就在哪里顯示
- hold:的意思是把圖片放到代碼塊以后
- animate: 如果代碼塊中有生成幾幅圖片，可以將幾張圖片生成動畫。
用animate的要點是首先要安裝：animation包。 然后http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ 從這里下載你需要的ffmpeg，然后直接解壓到當前文件夾，比如我解壓以后，重命名為ffmpeg,然后放到c:\Program Files\
然后把C:\Program Files\ffmpeg\bin放入環境變量。 然后這個選項就可以用了。
1: 由於ffmpeg的最新版本出來的動畫，不一定在所有的瀏覽器都能播放，所以我在文件中放了一個ffmpeg.exe 這個是11年的版本， 用起來沒有問題。
2：還有一個問題就是，如果你安裝過其他的軟件，里面自帶的ffmpeg.exe，那么可能你的路徑中的ffmpeg就不起作用了，查看ffmpeg位置 的命令行：Sys.which(“ffmpeg”),這樣可以查看當前使用的ffmpeg是在什么地方。
3：然后提供一個最簡單的辦法，直接講我的文件夾中的ffmpeg扔到system32文件夾中就沒有任何問題了，也不用配置路徑了。
4:關於並行圖片生成的順序，非循環方式生成圖片順序問題，待驗證
當生成動畫的時候還有一個參數interval=2 可以設置兩個圖片之間的間隔。
所有參數都在網站有詳細的解釋，我也有可以有理解不對的地方，歡迎大家指正。謝謝。 http://yihui.name/knitr/options
4.行內代碼
我們如果想在行文中直接嵌入R的代碼也非常的方便，是以后引號加r開頭，然后后引號結尾。比如400。 非常的方便。
5.生成HTML
6.寫Latex
7.致謝
最應該感謝的當然是包的制作者-謝益輝，然后RStudio也是很不錯的。 同時，本文還參考了魏太雲的PPT,同樣非常感謝。在文件夾中一並附上。請大家自行參考。