有時需要在Windows下運行Gromacs，作為一個開源分子動力學模擬（MD）軟件，它最好的運行環境當然是Linux，可惜條件不具備。
習慣了Linux下智能的命令提示符，再使用Windows下的CMD感覺好難過，開始尋找CMD的代替品，開始找到一個Console2，但是對中文的支持不太好，於是放棄了，再后來找到了PowerCmd，感覺非常不錯。它與CMD的關系，就好像Gnome Terminal 或Kconsola與終端的關系一樣，是CMD的一個Wrapper。
為了方便運行Gromacs，在PowerCmd下建立了一個快捷方式，可以直接運行Gromacs目錄下的RUN.bat設置環境變量。結果發現使用默認的set_env.bat無法正確設置，它原本的命令是：
cmd /k %cd%\set_env.bat
運行時總是提醒找不到set_env.bat。后來建立了一個文件進行測試，原來 %cd%代表的是cmd當前目錄而不是文件目錄，將其改變%~dp0set_env.bat就行了。
%~dp0代表文件當前目錄，而且不用再帶/號了。
在命令提示符中運行快捷方式的話，需要加上start命令。
建立快捷方式時，最好不設定啟始位置。否則在Cmd下運行快捷方式建立文件時，會從啟始位置開始的。
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在PowerCmd下無法正確處理Python環境，在網上找到了Console2 中文修改版 使用起來感覺比PowerCmd更加舒服，使用前需要手動修改一下console2.xml配置文件。
還找到了一個ComEMU ，最新版已經解決了中文亂碼的毛病，而且有Quake console功能，非常方便。現在開始使用它作為windows下的Cmd代替品。
在設置使用Gromacs時，運行方法是：
cmd /k Title Gromacs&"c:\gromacs\RUN.bat" -cur_console:d:C:\