從物理意義上來講，InnoDB表由共享表空間、日志文件組（redo文件組）、表結構定義文件組成。若將innodb_file_per_table設置為on，則系統將為每一個表單獨的生成一個table_name.ibd的文件，在此文件中，存儲與該表相關的數據、索引、表的內部數據字典信息。表結構文件則以.frm結尾，這與存儲引擎無關。
以下為InnoDB的表空間結構圖：
在InnoDB存儲引擎中，默認表空間文件是ibdata1，初始化為10M，且可以擴展，如下圖所示：
實際上，InnoDB的表空間文件是可以修改的，使用以下語句就可以修改：
Innodb_data_file_path=ibdata1:370M；ibdata2:50M:autoextend
使用共享表空間存儲方式時，Innodb的所有數據保存在一個單獨的表空間里面，而這個表空間可以由很多個文件組成，一個表可以跨多個文件存在，所以其大小限制不再是文件大小的限制，而是其自身的限制。從Innodb的官方文檔中可以看到，其表空間的最大限制為64TB，也就是說，Innodb的單表限制基本上也在64TB左右了，當然這個大小是包括這個表的所有索引等其他相關數據。
而在使用單獨表空間存儲方式時，每個表的數據以一個單獨的文件來存放，這個時候的單表限制，又變成文件系統的大小限制了。
以下即為不同平台下，單獨表空間文件最大限度。
Operating System File-size Limit
Win32 w/ FAT/FAT32 2GB/4GB
Win32 w/ NTFS 2TB (possibly larger)
Linux 2.4+ (using ext3 file system) 4TB
Solaris 9/10 16TB
MacOS X w/ HFS+ 2TB
NetWare w/NSS file system 8TB
※ 以下是MySQL文檔中的內容：
Windows用戶請注意： FAT和VFAT (FAT32)不適合MySQL的生產使用。應使用NTFS。
共享表空間與獨占表空間可以通過參數innodb_file_per_table來轉換，若為1，則開啟獨占表空間，否則，開啟共享表存儲。
在服務器資源有限,單表數據不是特別多的情況下, 獨立表空間明顯比共享方式效率更高 . 但是MySQL 默認是共享表空間 。
具體的共享表空間和獨立表空間優缺點如下：
共享表空間：
優點：
可以放表空間分成多個文件存放到各個磁盤上（表空間文件大小不受表大小的限制，如一個表可以分布在不同步的文件上）。數據和文件放在一起方便管理。
缺點：
所有的數據和索引存放到一個文件中以為着將有一個很常大的文件，雖然可以把一個大文件分成多個小文件，但是多個表及索引在表空間中混合存儲，這樣對於一個表做了大量刪除操作后表空間中將會有大量的空隙，特別是對於統計分析，日值系統這類應用最不適合用共享表空間。
獨立表空間：在配置文件（my.cnf）中設置： innodb_file_per_table
優點：
1． 每個表都有自已獨立的表空間。
2． 每個表的數據和索引都會存在自已的表空間中。
3． 可以實現單表在不同的數據庫中移動。
4． 空間可以回收（除drop table操作處，表空不能自已回收）
a) Drop table操作自動回收表空間，如果對於統計分析或是日值表，刪除大量數據后可以通過:alter table TableName engine=innodb;回縮不用的空間。
b) 對於使innodb-plugin的Innodb使用truncate table也會使空間收縮。
c) 對於使用獨立表空間的表，不管怎么刪除，表空間的碎片不會太嚴重的影響性能，而且還有機會處理。
缺點：
單表增加過大，如超過100個G。
※ 對於啟用了innodb_file_per_table 的參數選項之后，在每個表對應的.idb文件內只是存放了數據、索引和插入緩沖，而撤銷（undo）信息，系統事務信息，二次寫緩沖等還是存放在了原來的共享表空間內。
※ 數據段即B+樹的葉節點，索引段即為B+樹的非索引節點。
※ InnoDB存儲引擎的管理是由引擎本身完成的，表空間是由分散的頁和段組成。
※ 區由64個連續的頁組成，每個頁大小為16K，即每個區大小為1MB，創建新表時，先有32頁大小的碎片頁存放數據，使用完后才是區的申請，（InnoDB最多每次申請4個區，保證數據的順序性能）
※ 頁類型有：數據頁、Undo頁、系統頁、事務數據頁、插入緩沖位圖頁、以及插入緩沖空閑列表頁。