linux系統的大型機上安裝R
需要在大型機上編譯安裝R，大型機上操作系統是CentOS 5.4。
實際上，參考文獻2已經非常詳細地列出了如何在linux操作系統上安裝R。之所要要寫這篇博文，是因為我們現在面臨這樣一個問題
：如果大型機不能從網絡直接下載R，而且大型機上的R久久不得更新，同時大型機的管理員不願意更新R？
安裝具體步驟：
1 在CRAN上下載最新R版本的源代碼，即文件以.tar.gz結尾
2 解壓文件
tar -zxvf R-*（“R-*是R的具體版本文件信息”）並進入解壓文件夾
3 注意查看“INSTALL”文件，這個文件簡要介紹了安裝步驟。之后，configure
./configure --prefix=/home/me/R --enable-R-shlib （--enable-R-shlib保證了R package的共享）
4 安裝之
make,
make install
5 因為安裝的R不是在root下，所以需要設置自己登錄用戶的PATH和添加R_HOME和R_LIB路徑，設置方法是修改用戶路徑下的.bashrc文件，"..."省略了安裝文件路徑
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# add R PATH
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
export PATH=/home/.../R/bin:$PATH
# R_HOME and R_LIB
PATH=${R_HOME}/bin:$PATH
export R_HOME=/home/.../R/bin/R
export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library
export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
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之后，在命令行輸入R，可以進入自己安裝的R，會有警告“WARNING: ignoring environment value of R_HOME”，這個不影響R的正常運行。
離線安裝R package
通常我們在安裝R的package時候，是通過連接網絡，然后直接使用函數
install.packages( )。R會很聰明地將所有包的依賴關系搞定。但是，我們離線本地安裝R的*.tar.gz的package呢？同樣，使用
install.packages( )函數，比如
install.packages("
mypkg.tar.gz
", repos = NULL)。但是，需要自己根據“報錯信息”安裝依賴的包。
命令行執行R CMD
為了能夠在BSUB系統上提交R作業，需要學會使用命令行運行R編寫的腳本。在linux下可以使用R CMD BATCHd等一系列命令。
具體使用方法查看文檔
man R;
man Rscript
第一種方法：
R CMD BATCH
[options]
infile
[outfile]
options：默認--restore -- save --no-readline；
--help 查看幫助信息；
--version 查看R版本；
--slave 只打印R腳本的輸出，而不顯示腳本具體執行情況；-
-no-timing 去除輸出文檔結束的運行時間輸出。
outfile：如果沒有命名，會照搬infile名字+ .Rout
其實，R CMD BATCH是
R CMD command
[arguments]其中的一種，具體可以查看man R的文檔。
問題：knitr是一個什么角色？
第二種方法：
R
[options] [< infile] [> outfile]
options：
--version 查看R版本；
--slave 只打印R腳本的輸出，而不顯示腳本具體執行情況；
--vanilla是
--no-save,
--no-restore,
--no-site-file,
--no-init-file and
--no-environ的合體；
--args 后面是需要傳遞的參數。
注意：options必須選擇--save，--no-save, --vanilla三個中的一個。
比如編輯一個testR2.R文件如下：
===================================================================
args <- commandArgs(TRUE) # TRUE should be set to choose the right arguments
paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")
===================================================================
接着運行
R --slave --vanilla --args tea coffee<testR2.R >testR.Rout
查看輸出結果
========================================
$
cat testR.Rout
[1] "I like tea and coffee !"
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第三種方法：
Rscript
[--options] [-e expr]
file
[args]
options中默認--slave --no-restore；
--version 查看R版本；其他類似第二種方法中的說明。
-e expr：可以通過expr輸入R的表達式，比如
-e 'name <- "tea"; source("testR.R")'
args：是需要輸入腳本的參數
> file：輸出文件
可以使用第三種方法，寫成R腳本，之后放入系統運行。比如R腳本testR.R：
===================================================
#! /usr/lib/R/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
# paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")
print(args)
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執行R腳本
>
chmod +x testR.R
>
./testR.R tea coffee > testR.Rout
轉自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100yhef.html