【R】Linux安裝R語言包(Installing R packages on Linux)

有關install.packages()函數的詳見：R包 package 的安裝（install.packages函數詳解）

R的包（package）通常有兩種：
1 binary package：這種包屬於即得即用型（ready-to-use），但是依賴與平台，即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此類包可以跨平台使用，但用之前需要處理或者編譯（compiled）。

以下一些常用的包相關的函數：
.libPaths()：查看包的安裝目錄
library()：查看已經安裝的包目錄
library(mypackage)：載入mypackage包

getOption("defaultPackages")：查看啟動R時自動載入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的幫助
       args( function )：查看函數的參數
       example(function)：自動運行該函數幫助文檔中的例子，很贊！
       demo("package")：展示一些包中demostration， 需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特別是bioconductor的包有vignette，用函數查看
openVignette('mypackage')：這個函數也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R網站上的“helpinfor”相關信息
help.start()：查看已經安裝包的詳細HTML文檔， 這個命令非常爽。
更新：
search()：查看當前載入的包

sessionInfo()：查看R中載入的包
methods()：查看某個S3泛型函數中所有的方法或者一個類中所有的方法（S3：S version 3）

showMethods(class = " myClass ")：查看S4類的方法

findMethods(" myMethods ")：查看method的代碼

class( myObject )：查看某個對象的類
getClass(“ class/package ”)：查看某個class或者包的具體內容

getSlots(" class ")：查看某個class的slot

slotNames( MyObject )：查看某個對象的slot。

可以使用 Myobject @ slotNames訪問對象的slot值，這個@設計實在是太爽了，可以連續用。

查詢包內信息：1. ? function/ method：查看某個“函數”或者“方法”的詳細內容
                         2. class?graph::graph：查看“組”的詳細內容的一個例子。這個例子的來源是查詢graph包時候，查看其中class的信息，輸入 ??graph后出現一個 graph::graph-class。
ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有對象。

安裝source package方法

1 在終端輸入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法，需要解決包依賴問題，即安裝此包所依賴的包，安裝過程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函數安裝
   回答：可以使用install.packages()函數安裝，而且比較簡便，即聯網即可裝，裝了就可用。
   # R
   > install.packages('mypackage')

   回答2：可以使用install.packages()安裝本地下載的包，尤其適用於在服務器上安裝包

   $ R

   > install.packages( c(" XML_0.99-5.tar.gz ", " http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz "), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'") )

3 Bioconductor的安裝方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

 

4 卸載package

remove.packages(" mypackage ")

 

5 查看R及其package的version

R version: version 或者 R.version

R package version: 

 

6 更新包

update.packages( )  可以定期執行以下

 

7 使用別人安裝的包

修改.bashrc文件，添加環境變量R的lib路徑

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函數查看lib路徑，如果有多個lib,install.packages()默認是安裝在第一個目錄下

 

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