Modeller使用入門

Tutorial of Basic：http://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html

 

一、Modeller環境准備

1、Python安裝

• 下載地址：http://python.org/ftp/python/2.7.3/python-2.7.3.msi
• 下載完，直接雙擊安裝
• 在CMD命令行里輸入python，如果進不了如下所述的python shell，則需要配置環境變量
• 將Python的安裝目錄“E:\Python27”添加到環境變量的path里面

C:\Program Files\Modeller9.11>python
Python 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win
32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

 

2、Modeller安裝

• 下載地址： http://salilab.org/modeller/download_installation.html
• 下載完，直接雙擊安裝
• 安裝過程中需要輸入一個LICENSEE，申請地址：http://salilab.org/modeller/registration.html
• 需要教育網郵箱，所以我直接在網上找了一個LICENSEE
• LICENSEE：“MODELIRANJE”(From：http://www.mdbbs.org/thread-24166-1-1.html)

 

3、Input、Output文件下載

• 下載地址：http://salilab.org/modeller/tutorial/basic-example.zip
• 直接解壓，里面是輸入、輸出文件，以及.py腳本

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

二、Modeller腳本運行

1、雙擊腳本運行

2、IDLE打開腳本==》Run==》Run Module  F5

3、CMD命令行運行

• 如果直接在命令行里“C:\>C:\basic-example\build_profile.py”會報IOError錯，文件路徑錯誤

• 解決方式：修改build_profile.py中的文件路徑

 

三、Modeller腳本修改

• 修改前

from modeller import *

log.verbose()
env = environ()

#-- Prepare the input files

#-- Read in the sequence database
sdb = sequence_db(env)
sdb.read(seq_database_file='pdb_95.pir', seq_database_format='PIR',
         chains_list='ALL', minmax_db_seq_len=(30, 4000), clean_sequences=True)

#-- Write the sequence database in binary form
sdb.write(seq_database_file='pdb_95.bin', seq_database_format='BINARY',
          chains_list='ALL')

#-- Now, read in the binary database
sdb.read(seq_database_file='pdb_95.bin', seq_database_format='BINARY',
         chains_list='ALL')

#-- Read in the target sequence/alignment
aln = alignment(env)
aln.append(file='TvLDH.ali', alignment_format='PIR', align_codes='ALL')

#-- Convert the input sequence/alignment into
#   profile format
prf = aln.to_profile()

#-- Scan sequence database to pick up homologous sequences
prf.build(sdb, matrix_offset=-450, rr_file='${LIB}/blosum62.sim.mat',
          gap_penalties_1d=(-500, -50), n_prof_iterations=1,
          check_profile=False, max_aln_evalue=0.01)

#-- Write out the profile in text format
prf.write(file='build_profile.prf', profile_format='TEXT')

#-- Convert the profile back to alignment format
aln = prf.to_alignment()

#-- Write out the alignment file
aln.write(file='build_profile.ali', alignment_format='PIR')

• 修改后

from modeller import *

log.verbose()
env = environ()

path = "C://basic-example/"

#-- Prepare the input files

#-- Read in the sequence database
sdb = sequence_db(env)
sdb.read(seq_database_file=path+'pdb_95.pir', seq_database_format='PIR',
         chains_list='ALL', minmax_db_seq_len=(30, 4000), clean_sequences=True)

#-- Write the sequence database in binary form
sdb.write(seq_database_file=path+'pdb_95.bin', seq_database_format='BINARY',
          chains_list='ALL')

#-- Now, read in the binary database
sdb.read(seq_database_file=path+'pdb_95.bin', seq_database_format='BINARY',
         chains_list='ALL')

#-- Read in the target sequence/alignment
aln = alignment(env)
aln.append(file=path+'TvLDH.ali', alignment_format='PIR', align_codes='ALL')

#-- Convert the input sequence/alignment into
#   profile format
prf = aln.to_profile()

#-- Scan sequence database to pick up homologous sequences
prf.build(sdb, matrix_offset=-450, rr_file='${LIB}/blosum62.sim.mat',
          gap_penalties_1d=(-500, -50), n_prof_iterations=1,
          check_profile=False, max_aln_evalue=0.01)

#-- Write out the profile in text format
prf.write(file=path+'build_profile.prf', profile_format='TEXT')

#-- Convert the profile back to alignment format
aln = prf.to_alignment()

#-- Write out the alignment file
aln.write(file=path+'build_profile.ali', alignment_format='PIR')

raw_input()

 

四、Python版本需求

　　理論上應該是可以支持所有python版本的，但是對於Python 2.5的支持有些問題

　　對於Python 2.5會報如下的錯，因為“C:\Program Files\Modeller9.11\modlib\python2.5”目錄下沒有_modeller.pyd這個文件，導致程序運行到“C:\Program Files\Modeller9.11\modlib\modeller\__init__.py”里的“import _modeller”時，出現錯誤

# Set Modeller install location and license
import _modeller
if hasattr(config, 'license'):
    _modeller.mod_license_key_set(config.license)
if hasattr(config, 'install_dir'):
    _modeller.mod_install_dir_set(config.install_dir)

_modeller.mod_start()

　　所以，推薦安裝最新版本的Python